Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,242,234 | 0 | C | T | 42.0% | 23.6 / 57.8 | 50 | G361S (GGC→AGC) | uxaA | D‑altronate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/16); new base T (9/12); total (22/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CAGCCCGCACCCGCCAGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATCATGGGCAATAAAGTACTGTTTGAAGTCGTTGACCATGGTGACCAGTTTTTCAAACGTTGCT > NC_000913/3242095‑3242370 | cAGCCCGCACCCGCCAGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGcc > 2:866662/1‑140 (MQ=255) cccGCACCCGCCAGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAg > 2:216014/1‑140 (MQ=255) cGCACCCGCCAGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTg < 2:328262/140‑1 (MQ=255) cGCACCCGCCAGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTg > 2:942651/1‑140 (MQ=255) cGCACCCGCCAGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTg < 1:906284/140‑1 (MQ=255) cGCACCCGCCAGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTg > 2:731234/1‑140 (MQ=255) cccGCCAGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGAttt < 2:592162/140‑1 (MQ=255) cccGCCAGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGAttt < 1:758190/140‑1 (MQ=255) cAGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCtt < 1:731234/140‑1 (MQ=255) aGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTc < 1:39611/140‑1 (MQ=255) gggCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTcc < 2:770052/140‑1 (MQ=255) gggCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTcc < 2:884910/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAg < 2:228789/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAg < 1:468662/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAg < 1:521321/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAg < 1:866662/140‑1 (MQ=255) tCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATAccgcccgc > 1:483633/1‑140 (MQ=255) cgcACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCg > 2:609694/1‑140 (MQ=255) cgcACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCg > 2:464970/1‑140 (MQ=255) cgcACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCg > 2:249893/1‑140 (MQ=255) cgcACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCg > 1:581672/1‑140 (MQ=255) cTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGa < 2:587139/140‑1 (MQ=255) cTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGa < 1:249893/140‑1 (MQ=255) cTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGa < 1:464970/140‑1 (MQ=255) ttAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGAt > 1:388843/1‑140 (MQ=255) aCAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATggg < 1:496943/140‑1 (MQ=255) aCAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATggg < 2:390406/140‑1 (MQ=255) aCAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATggg < 1:216014/140‑1 (MQ=255) tCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCg > 1:841183/1‑129 (MQ=255) tCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCg < 2:841183/129‑1 (MQ=255) cAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCAt > 2:741779/1‑140 (MQ=255) cAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCTGCGATGGGTTTTCAt > 2:626990/1‑140 (MQ=255) cAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCAt > 2:381690/1‑140 (MQ=255) gCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAg > 2:604089/1‑140 (MQ=255) cccTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGa > 1:898373/1‑140 (MQ=255) cccTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGa < 2:388843/140‑1 (MQ=255) ccTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGAt > 1:778934/1‑140 (MQ=255) ccTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGAt < 2:898373/140‑1 (MQ=255) ggCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCgg < 1:277697/140‑1 (MQ=255) ggCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCgg > 2:917547/1‑140 (MQ=255) gCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGc > 1:763529/1‑140 (MQ=255) ttCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATc < 1:604089/140‑1 (MQ=255) aGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATCATg < 1:206209/140‑1 (MQ=255) aCGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCTGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATCATggg < 1:626990/140‑1 (MQ=255) tCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATCATGGGCAATAAAGTACTGTTTGAAGTc < 2:763529/140‑1 (MQ=255) ccACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATCATGGGCAATAAAGTACTGTTTGAAGTCGTTg > 1:774230/1‑140 (MQ=255) gacgCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATCATGGGCAATAAAGTACTGTTTGAAGTCGTTGACCa > 1:213129/1‑140 (MQ=255) aaCCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATCATGGGCAATAAAGTACTGTTTGAAGTCGTTGACCATGGTGAcc < 2:774230/140‑1 (MQ=255) ccGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATCATGGGCAATAAAGTACTGTTTGAAGTCGTTGACCATGGTGACCAGt < 1:381690/140‑1 (MQ=255) cGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATCATGGGCAATAAAGTACTGTTTGAAGTCGTTGACCATGGTGACCAGtt > 1:38486/1‑140 (MQ=255) aGCTAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATCATGGGCAATAAAGTACTGTTTGAAGTCGTTGACCATGGTGACCAGTTTTTCAAACGTTGCt > 1:323612/1‑140 (MQ=255) | CAGCCCGCACCCGCCAGGGCGCTGGTCGCTACGGCATCGTTACCCGGCGCACTTAACAAGTTCAGCCCTGGCGTTTTCAGACGCTCGCCGTAACGCAGCACGTCAACCACGACGCTGGAACCCGCTTTCTGGGTACAGCCAAGTGATTTGTCTTCCAGCGTGGTGATACCGCCCGCTTTGTTCCCCGGCGATGGGTTTTCATAGATCGGCTGATCATGGGCAATAAAGTACTGTTTGAAGTCGTTGACCATGGTGACCAGTTTTTCAAACGTTGCT > NC_000913/3242095‑3242370 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |