| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,809,415 | T→C | pseudogene (1100/1178 nt) | ygaY → | putative transporter YgaY, N‑terminal fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,809,415 | 0 | T | C | 100.0% | 76.1 / NA | 23 | pseudogene (1100/1178 nt) | ygaY | putative transporter YgaY, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (3/20); total (3/20) | |||||||||||
AATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAG > NC_000913/2809283‑2809551 | aaTTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGGTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGGTGGGGTGGCGGTTGGctgggtg > 1:598652/1‑140 (MQ=255) tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGgcgc < 1:98500/140‑1 (MQ=255) gATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCGGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGcgacga < 2:870953/140‑1 (MQ=255) aCATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTg < 1:657905/140‑1 (MQ=255) cATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGc < 1:496524/140‑1 (MQ=255) cATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGGTCGCTAATTTCAGCCCCAGCCCGGCAACATGGCGGGTGGGGCGGGGGTTTCCTCGCTGGCgcggcgggttc > 2:341787/1‑135 (MQ=255) tCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGccc < 1:912310/140‑1 (MQ=255) ccTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCt < 1:880980/140‑1 (MQ=255) aTGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGtt < 1:529605/140‑1 (MQ=255) cATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTc < 1:128735/140‑1 (MQ=255) gTGCCCCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCCGCCTTGCAACATGGCGGGTGGGGGGGGGGTTGCCTCGGTTGGGCGGCGAGTTGCCCCGGTTAATTTTTTGGGTTGTGGGGGGGGTTTTTTTCTCCGGGAAGCGCCAAATTa > 2:214815/1‑140 (MQ=255) cgccgGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGGTGGGGTGGGGGTTGGCCGGGTGGCGCGGCGG‑TTGCCCTGGGTTACTTTCTGGGCTGGTGGGGGGGGTTTTATCGTCAGGGAGGCGCAAAATAAACaa > 2:14366/1‑140 (MQ=255) ttCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCa < 1:53327/140‑1 (MQ=255) gCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGGTGGGCTGGGGTTTGCCTGGCTGGGGCGACGG‑TTGCCCCGGTTAACTTACTGGTCTTGTGGCGAGGGTTTCATCGTCAGGAAACCGGAAATTAAGCAATCAGCaaac > 2:548669/1‑138 (MQ=255) cTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCg > 1:534713/1‑140 (MQ=255) cTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCg > 1:519368/1‑140 (MQ=255) tcagcctcagccTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCg < 2:546624/140‑1 (MQ=255) tcagcctcagccTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCg < 1:791386/140‑1 (MQ=255) tcagcctcagccTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCg < 1:725336/140‑1 (MQ=255) tcagcctcagccTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCg < 1:334948/140‑1 (MQ=255) tcagcctGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCtt < 2:598652/140‑1 (MQ=255) agcctGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTa < 2:450244/140‑1 (MQ=255) acagcATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTta < 1:946859/136‑1 (MQ=255) aCATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATaa < 1:14366/140‑1 (MQ=255) aTGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAgg < 1:214815/140‑1 (MQ=255) ggTTGGGCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGGTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGtt > 2:93716/1‑140 (MQ=255) ggCTGGCGTTTGCCTGGCTGGCGCGGCGA‑TTGCCCTGGTTAACTTAATCGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGGAGGCGGAAATTTAGCAATCAGGAACCGTTTTCGGGGCTTTACACTTATAAGGGTGtttttgt > 2:946859/1‑135 (MQ=255) ggCGTTTGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGccc < 1:750368/140‑1 (MQ=255) ttGCCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAg < 1:718451/140‑1 (MQ=255) | AATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGA‑TTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAG > NC_000913/2809283‑2809551 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |