| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,673,639 | (G)5→6 | coding (278/1014 nt) | yhjD → | putative transporter YhjD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,673,634 | 1 | . | G | 98.9% | 315.2 / ‑3.7 | 92 | coding (273/1014 nt) | yhjD | putative transporter YhjD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (43/48); total (43/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CCAACGCCAACCGGTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑A‑‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCTTCGACAAAATTCTGCAAAACATCAGCGATCCGACGCTAGCCGCCACGTTGAAAAACACCATCAACACCGCCGTTCAGCAGCGTACGA > NC_000913/3673496‑3673767 | ccAACGCCAACCGGTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑A‑‑g > 2:1326183/1‑140 (MQ=255) aaCGCCAACCGGTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑A‑‑ggg < 2:1110224/140‑1 (MQ=255) aaCGCCAACCGGTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑A‑‑ggg > 1:675113/1‑140 (MQ=255) aaCGCCAACCGGTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑A‑‑ggg < 1:1281235/140‑1 (MQ=255) cAACCGGTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑A‑‑ggggggct < 2:828038/140‑4 (MQ=255) cAACCGGTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑A‑‑ggggggct < 1:1326183/140‑4 (MQ=255) aCCGGTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑A‑‑gggggggctt > 2:1338049/1‑135 (MQ=255) aCCGGTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑A‑‑ggg < 2:259063/133‑1 (MQ=255) aCCGGTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑A‑‑ggg > 1:259063/1‑133 (MQ=255) ggTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTtgtg < 1:284075/140‑1 (MQ=255) ttATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCt > 1:1016413/1‑140 (MQ=255) ttATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCt < 1:1298693/140‑1 (MQ=255) ttATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCt < 1:246776/140‑1 (MQ=255) aTTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTgg > 2:504391/1‑140 (MQ=255) cgcACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTc > 2:1415558/1‑140 (MQ=255) aCCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCa > 2:614133/1‑140 (MQ=255) aCCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCa > 2:1173926/1‑140 (MQ=255) tcTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCAt < 1:1157504/139‑1 (MQ=255) ccTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCAt < 1:1341949/140‑1 (MQ=255) ccTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCAt > 1:69199/1‑140 (MQ=255) tGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATcc < 1:1415558/140‑1 (MQ=255) tGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATcc < 1:1278440/140‑1 (MQ=255) aTTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGa < 2:576738/140‑1 (MQ=255) aTTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGa < 1:514070/140‑1 (MQ=255) tCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATg < 2:1223092/140‑1 (MQ=255) cgcgcgACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGt < 2:1016413/140‑1 (MQ=255) cgcgACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGc > 2:1157822/1‑124 (MQ=255) cgcgACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGc < 1:1157822/124‑1 (MQ=255) cgcgACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATcc < 2:1484812/133‑1 (MQ=255) cgcgACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATcc > 1:1484812/1‑133 (MQ=255) cgcgACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTg > 2:64531/1‑140 (MQ=255) gcgACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGc < 2:895809/140‑1 (MQ=255) gACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTa < 2:385087/140‑1 (MQ=255) cAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACa > 1:1067614/1‑140 (MQ=255) tttAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCt > 1:54409/1‑140 (MQ=255) tAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCTTc > 2:1504375/1‑140 (MQ=255) tAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCTTc > 2:191874/1‑140 (MQ=255) tCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCTTCGACaaa > 2:331917/1‑140 (MQ=255) cGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCTTCGACaaaa > 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2:306048/1‑133 (MQ=255) gATGGTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCTTCGACAAAATTCTGCAAAACATCAGCGATCCGACGCTAGCCGCCACGTTGAAAAACACCATCAacac < 1:306048/133‑1 (MQ=255) ggTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCTTCGACAAAATTCTGCAAAACATCAGCGATCCGACGCTAGCCGCCACGTTGAAAAACACCATCAACACCGCCGTTcag < 2:604569/140‑1 (MQ=255) ggTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCTTCGACAAAATTCTGCAAAACATCAGCGATCCGACGCTAGCCGCCACGTTGAAAAACACCATCAACACCGCCGTTcag < 1:1066021/140‑1 (MQ=255) ggTGTCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCTTCGACAAAATTCTGCAAAACATCAGCGATCCGACGCTAGCCGCCACGTTGAAAAACACCATCAACACCGCCGTTcag < 1:191874/140‑1 (MQ=255) tCGTTTGCCGC‑AG‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCTTCGACAAAATTCTGCAAAACATCAGCGATCCGACGCTAGCCGCCACGTTGAAAAACACCATCAACACCGCCGTTCagcagc > 2:1296760/1‑140 (MQ=255) 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CCAACGCCAACCGGTTATTGCGCACCTGATTCGCGCGACAGAACGCTTTAACGATCGGCTGGGTAACCAGTTTGGTGCGGCTATCACCTATTTCTCATTTTTGTCGATGATACCAATTTTGATGGTGTCGTTTGCCGC‑A‑‑GGGGGCTTTGTGCTGGCCTCCCATCCGATGTTGCTACAGGATATCTTCGACAAAATTCTGCAAAACATCAGCGATCCGACGCTAGCCGCCACGTTGAAAAACACCATCAACACCGCCGTTCAGCAGCGTACGA > NC_000913/3673496‑3673767 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |