Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 28.3% | 99.0 / 18.2 | 46 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/3); new base A (0/13); total (30/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29371‑29633 | cccttttttttCTGCTTTTTTTTTTTTCATGCATTCTTTTTGCTGCGAAGGCTTTTCCC‑AAAACAGGTTAGATTTTTTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TAAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCa < 2:431966/135‑1 (MQ=255) ttttttCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAg > 2:136305/1‑140 (MQ=255) tttttttttttTAATGCATTTTTCTTGCTGCG‑AAGGTTTTTCCAAGAACAGTTAAGATGTTTTTTTTGTCGTTTAATGCC‑TAAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa < 2:678077/137‑1 (MQ=255) tcttttttATTTCATGCAATTTTCTTGCTGCGAAAGCTTTTTCA‑AGAACAGGTTAGATGATTTTTTTGTCGTTTAATGCT‑TGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa < 2:981341/137‑1 (MQ=255) tCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa > 1:981341/1‑140 (MQ=255) tCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa > 2:807224/1‑140 (MQ=255) tCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa > 1:678077/1‑140 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 2:832662/1‑140 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 2:1391526/1‑140 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:329307/1‑140 (MQ=255) ttGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgccgc > 2:1349396/1‑140 (MQ=255) ttGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgccgc > 1:178862/1‑140 (MQ=255) cgcAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTg > 1:416078/1‑140 (MQ=255) caaaaaCAGTTTAGATGTTTTTTTTGTCGTTAAATGCC‑TGAAAAACATGCAGGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgt < 2:191108/136‑1 (MQ=255) aCAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTa > 1:1206218/1‑140 (MQ=255) aCAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTa > 1:1497490/1‑140 (MQ=255) attttAGATGATTTTTTTGTCTTTTAATGCC‑TGAAAAACATGCAGGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAg < 1:1363253/137‑1 (MQ=255) aGGTTATATTTTTTTTTTGTCGTTTAATGCT‑TGAAAAACATGAATGAGCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAg < 1:725535/140‑1 (MQ=255) gTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 1:191108/1‑140 (MQ=255) atgatCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAttt > 1:977232/1‑140 (MQ=255) ttttttttGTCGTTTAATCCC‑TGAAAAACATGCATGAGCAAAAAAATAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa < 2:1206218/137‑1 (MQ=255) ttttttttCTCATTTAATCCT‑TGAAAAAAAGGAATGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa < 2:1497490/137‑1 (MQ=255) tttttttgGTCGTTTATTGCC‑TGAAAAACATGCAGGAGCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa < 2:329307/137‑1 (MQ=255) tttttttGTCG‑TTAAAGCCTTAAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCACAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAt < 2:1238964/138‑1 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATATTATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:859771/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 2:1447659/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 2:1008214/1‑140 (MQ=255) tGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAttt > 1:1456681/1‑140 (MQ=255) gTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTa > 1:995526/1‑140 (MQ=255) gCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt > 2:338354/1‑140 (MQ=255) taaaTGCC‑TAAAAAACATGAATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtca < 1:375347/138‑1 (MQ=255) aaTGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtcatc > 2:762283/1‑140 (MQ=255) tgaaaaaCATGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtgtg < 1:1373841/137‑1 (MQ=255) tGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtgtg > 1:523273/1‑140 (MQ=255) tAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGaa > 2:537172/1‑140 (MQ=255) aaaaaCATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGaa < 2:1231263/139‑1 (MQ=255) tgcatgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAatat > 1:450625/1‑140 (MQ=255) gcatgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATg > 2:1302878/1‑140 (MQ=255) gcatgACCAAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATg < 2:523273/140‑1 (MQ=255) atgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCa > 1:1231263/1‑140 (MQ=255) aGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAAt > 1:576196/1‑140 (MQ=255) gCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATa > 1:701255/1‑140 (MQ=255) gCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATa < 1:1008214/140‑1 (MQ=255) cccAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATa < 1:136305/139‑1 (MQ=255) cacaAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATaaa < 1:1302878/140‑1 (MQ=255) acaAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag > 2:437581/1‑140 (MQ=255) aaaaaaTAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag < 1:437581/138‑1 (MQ=255) aaaaTAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtg < 2:1456681/140‑1 (MQ=255) aaaataAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtgagt < 2:701255/138‑1 (MQ=255) aataTAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAgtgagtga < 2:995526/140‑1 (MQ=255) aataTAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAgtgagtga > 2:535757/1‑140 (MQ=255) aataTAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAgtgagtga < 1:807224/140‑1 (MQ=255) aataTAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAgtgagtga < 1:257589/140‑1 (MQ=255) atatAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGaa < 1:1447659/140‑1 (MQ=255) tataAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAat < 2:450625/140‑1 (MQ=255) | TCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29371‑29633 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |