| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 30.0% | 91.2 / 18.2 | 40 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 domain‑containing protein YiiQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/1); new base T (0/12); total (27/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111610‑4111885 | ttttGTCATTTATCCAAACCTTCAAGCGATTGAGATAGCCCCAGCTAAACCGGTCCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTGGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACgtttgtt < 2:1311428/140‑1 (MQ=255) ttGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGGCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGAGTAATAACGTTTGtttt > 1:170089/1‑140 (MQ=255) ttttATTAAACCCTTCAAGCGATTCAGATGGCGCCAGTTTAATCGTTCCAACAGCGAGGGTCAGCCCTTTTC‑CGCCGTTGCCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCGCGGTGTAATAACTTTTGTTTTTcccc < 2:315964/139‑1 (MQ=255) ttATTCAACCCTACAAGCGTTTCAGATAGCGCCAGCTTATTCGTTAAAACAGGGAAGGTCACCCCTTTTC‑CGCCGTTGCCCGCGACAACATAACGCTGTCCCCCTTCTGTCTCGGTATAATATTTTTTTTTTTCCCccgc < 2:665620/140‑1 (MQ=255) tCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGtt > 1:99954/1‑140 (MQ=255) cTTCAAGCTATTCAGATAGCCCCAGTTTAATCGGTTCAACAGCGAGGGCCCCCCCTTTTC‑CGCGGTTGCCCGCGAAAACATAACGCGGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATACTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGc < 2:1233617/140‑1 (MQ=255) tCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCgg > 1:1414875/1‑139 (MQ=255) tCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGa > 2:73796/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 1:708067/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 2:1513887/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 2:41192/1‑140 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 1:1223003/1‑140 (MQ=255) aaccGGTACAACGGCGAGGGTCCCCCCTTTTT‑CGCTGTTGCCCGCGACAACATACCGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATACCTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGttt < 2:1291959/137‑1 (MQ=255) aaTCGGTACAACGGGGAGGGTCCCCCCTTTTC‑CGCCGTTGCCCGCAACAAAATACCGCGGTCCCCTTTCTGTCTGGGTTTAATAGCTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGttt < 2:1043760/140‑1 (MQ=255) ggTCCAACAGCGAGGGCCCCCCCTTTTC‑CGCGGTTGCCCGCGACAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTTTAATATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:1091673/140‑1 (MQ=255) gtccAACAGCGAGGCCCCCCCCCTTTT‑CGCGTTTTCCCGCGACAACAAACCGCGGTGCCCCTTTTGTCGGGGTGTAATACGGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTc < 2:779867/137‑1 (MQ=255) tacAACAGGGAAGGCCACCCCCTTTC‑CGCCGTTGCCCGCGAAAAAAAAACGCAGTCCCCCTTTTGTCTGGGTGTAATAGGTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCa < 2:1117801/138‑1 (MQ=255) tCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAt > 1:343930/1‑140 (MQ=255) cAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAtt > 1:703575/1‑140 (MQ=255) aCAGCGAGGGCCCCCCCCTTTC‑CGCCTTTGCCCGCAACAAAATACCGCAGTCCCCTTTCTGTCTGGGTGTAATACTGTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTaa < 2:369355/140‑1 (MQ=255) gCGAGGGTCACCCCTTTTC‑CGCTGTGGCCCCCAAAAACATACCGCATTACTCCTGCTGTCTCGTTAAAATAACTTTTTTTTCCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgg < 2:678886/140‑1 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt > 1:602814/1‑140 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt > 2:122597/1‑140 (MQ=255) ggggccgCCCCTTTTCCCCCTTTGCCCGCAAAAAAATAACGCGGGGCCCTTTCTGTCTGGGTTTAATATCTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:504301/134‑1 (MQ=255) cccctTTTT‑CGCCGTGCCCCGCAAAAACAAAACGCGGTCCCCTTTTTGTCTGGTTATAATATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGtgtg < 2:113248/139‑1 (MQ=255) ttt‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATc > 1:802178/1‑140 (MQ=255) ttt‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATc > 1:1009468/1‑140 (MQ=255) gCCTTTGGCCGCGAAAACAAACCGCATGCCCCCTTCGTTCGGGGTGTAATATTTTTTGTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 2:1533352/140‑1 (MQ=255) gCCTTTGCCCGCAACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATACCTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 1:1513887/140‑1 (MQ=255) gCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 1:41192/140‑1 (MQ=255) gCCGTTGCCCGCGAAAACATACCGCAGTCCCCCTTTTGTCTGGTTGTAATATTTTTTGTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 2:710786/140‑1 (MQ=255) ccGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGc > 1:1234638/1‑140 (MQ=255) tttGTCCGCCACAACATACCGCAGTGCCCTTTTTGTCTCGGTTTAATATCTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 1:565248/139‑1 (MQ=255) gTTGCCCGCGAAAACATAACGCAGTCCCCTTTCTGTCTGGGTGTAATACCGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 1:460892/140‑1 (MQ=255) tCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCAt > 2:594262/1‑140 (MQ=255) tCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGCTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGCGTGCGGATCACCGCTGccct > 2:1489676/1‑138 (MQ=255) ccGCGACAACATACCGCGGTGCCCTTCCTTTCTCGGTTTAATACTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATg < 2:514935/140‑1 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:929913/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:200656/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 1:425350/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:141457/1‑140 (MQ=255) gTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCttt > 1:262830/1‑140 (MQ=255) gttataataaGTTTTGTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct < 1:155099/136‑1 (MQ=255) ggTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct > 1:1142652/1‑140 (MQ=255) gtgtAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctc > 1:906676/1‑140 (MQ=255) tgtAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctct > 1:679718/1‑140 (MQ=255) taataaCGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTgg > 1:696042/1‑140 (MQ=255) atacctttttttttCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc < 2:1070321/134‑1 (MQ=255) ataaTGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc < 1:1403319/140‑1 (MQ=255) ataaCGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc > 1:988470/1‑140 (MQ=255) ataaCGTTTGTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc < 1:855903/140‑1 (MQ=255) ttctttttttttTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcccc < 2:343930/136‑1 (MQ=255) aaCGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcccc > 2:215968/1‑140 (MQ=255) ttttttttttCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTg < 2:5812/138‑1 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 1:827913/1‑140 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 1:793699/1‑140 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 1:515316/1‑140 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 1:1448017/1‑140 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 2:916070/1‑140 (MQ=255) tgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 2:1503784/1‑140 (MQ=255) tgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 1:1340175/1‑140 (MQ=255) | TTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111610‑4111885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |