Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,213,778 | 0 | A | C | 32.3% | 167.1 / 27.6 | 93 | F116V (TTC→GTC) | yjaB | putative N‑acetyltransferase YjaB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/27); new base C (0/30); total (36/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATATGCTG > NC_000913/4213639‑4213913 | cTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGaa > 1:751631/1‑140 (MQ=255) tAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAAc > 1:1587454/1‑140 (MQ=255) tAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAAc > 1:205103/1‑140 (MQ=255) aaCCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAAccc > 1:209196/1‑140 (MQ=255) gAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTACCCTTAAAC‑CCCCCCTTCTTATAGAACCCAACCg < 1:1440091/140‑1 (MQ=255) gAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCg > 1:784149/1‑140 (MQ=255) gAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCg > 2:1578615/1‑140 (MQ=255) gAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCg > 1:487946/1‑140 (MQ=255) gAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCg > 1:537639/1‑140 (MQ=255) cAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGCCCACCTCAGAGCGCCCCGTAACCTTAAAC‑CCCACCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCt < 2:709313/140‑1 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ccccccACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTACCCTTAAAC‑CCCACCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTc < 1:223996/139‑1 (MQ=255) ccACATCCGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAC‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGt < 1:1290300/140‑1 (MQ=255) gCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCga > 2:53063/1‑140 (MQ=255) gCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCga > 2:501521/1‑140 (MQ=255) gCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGCCCACCTCAGAGCGCCCCGTACCCTTAAAC‑CCCACCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCga < 2:1077726/140‑1 (MQ=255) ccAGGTACAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCTTAACCTTAAAC‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCgag < 1:1497331/140‑1 (MQ=255) cAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCgaga > 2:1456333/1‑140 (MQ=255) cAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCgaga > 1:1459878/1‑140 (MQ=255) gATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAgc > 1:1206370/1‑140 (MQ=255) aTTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCCCCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAgcg < 1:221081/140‑1 (MQ=255) aTTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAgcg > 2:162656/1‑140 (MQ=255) tCAGCACCGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCTCCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAG‑CCCACCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCa < 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tCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCa < 1:1132620/140‑1 (MQ=255) cGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTcca > 1:249807/1‑140 (MQ=255) ggATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTccac > 1:1145633/1‑140 (MQ=255) gATACGTTTTCCCCAAATCGTCCCCCTCAGGGCGCCCCG‑AACCTTAAAACCCCACTTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTccacc < 2:1518720/140‑1 (MQ=255) ccGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTACCCTTAAAC‑CCCCCCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGc < 2:123586/139‑1 (MQ=255) ccGGTTCCCCCAAATCGCCCCCCTCAGAGCGCCCCGTAACCTTAAAC‑CCCCCCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGc < 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ccGTAACCTTAAAC‑CCCCCCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGa < 2:751631/140‑1 (MQ=255) cGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGAt > 2:304688/1‑140 (MQ=255) tAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCg < 2:1423908/140‑1 (MQ=255) ttaagccccACCTTCTTAAAAAACCAAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATaaa < 1:1174839/134‑1 (MQ=255) tAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCTACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAAc > 1:154271/1‑140 (MQ=255) tAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAAc > 1:659906/1‑140 (MQ=255) acccccccTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgc < 2:535201/138‑1 (MQ=255) a‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 1:243507/140‑1 (MQ=255) a‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 2:249807/140‑1 (MQ=255) a‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 1:82459/140‑1 (MQ=255) gccctctttctaAAAGAACACATCCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCAACGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTGCGCCGCAGCCGGGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 2:1074896/133‑1 (MQ=255) cccccctttcttAAAAACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 2:101411/133‑1 (MQ=255) cccccccTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 1:1355334/139‑1 (MQ=255) cccccccTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 2:237231/139‑1 (MQ=255) cccccccTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 2:714128/139‑1 (MQ=255) cccccccTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 2:758610/139‑1 (MQ=255) cccccccTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 1:412403/139‑1 (MQ=255) cccccccTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 1:166613/139‑1 (MQ=255) ttcttATAGAACCCCACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTCACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCat < 2:150431/140‑1 (MQ=255) ttcttATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCat < 1:53063/140‑1 (MQ=255) ttcttATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCat < 1:501521/140‑1 (MQ=255) ataGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATAtgct > 2:198970/1‑140 (MQ=255) taGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATAtgctg < 2:205103/140‑1 (MQ=255) | CTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAA‑CCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATATGCTG > NC_000913/4213639‑4213913 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |