Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 125,335 | A→G | E773E (GAA→GAG) | aceE → | pyruvate dehydrogenase E1 component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 125,335 | 0 | A | G | 99.2% | 449.4 / ‑5.4 | 119 | E773E (GAA→GAG) | aceE | pyruvate dehydrogenase E1 component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (40/78); total (40/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
AGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAACGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGTCCGTACTTACGTACCGGC > NC_000913/125199‑125469 | aGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAgcgc > 2:109463/1‑140 (MQ=255) aGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAgcgc < 2:1185211/140‑1 (MQ=255) gctgctCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCt < 1:779922/140‑1 (MQ=255) gctgctCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCt > 1:992641/1‑140 (MQ=255) tCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAAc < 1:61268/140‑1 (MQ=255) ccGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACAtgctg < 1:1142510/140‑1 (MQ=255) ccGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACAtgctg < 2:1472818/140‑1 (MQ=255) cGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACAtgctgc < 2:1123561/140‑1 (MQ=255) tCTATCCTGCGTCATGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGTGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCAccc < 2:1178524/140‑1 (MQ=255) tCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCAccc < 1:700238/140‑1 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tCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCcgcgc < 1:1060977/140‑1 (MQ=255) ccGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCcgcgcg < 2:1520313/140‑1 (MQ=255) ccGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCcgcgcg < 2:838051/140‑1 (MQ=255) gTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGtt < 2:1422747/140‑1 (MQ=255) gTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGtt < 1:119142/140‑1 (MQ=255) tGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTc > 1:937484/1‑140 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gaTCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTc < 1:644072/140‑1 (MQ=255) tCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAg < 2:1298133/140‑1 (MQ=255) tGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGtg < 2:1081707/140‑1 (MQ=255) ggCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGtga > 1:899404/1‑140 (MQ=255) cGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAACGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGtgatg < 1:986437/140‑1 (MQ=255) aaGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAac > 1:678898/1‑140 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1:584204/140‑1 (MQ=255) cACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCg < 1:682092/140‑1 (MQ=255) cACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACAGGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCg < 1:1338798/140‑1 (MQ=255) cGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTg < 1:1572220/140‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAg < 2:1325179/140‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAg < 1:603382/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gcgcGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGt > 1:226850/1‑140 (MQ=255) gcgcGTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGt < 1:608520/140‑1 (MQ=255) cgcgTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGTc > 1:215043/1‑140 (MQ=255) cgTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGTCCg < 2:972278/140‑1 (MQ=255) gTGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGTCCGt < 1:657941/140‑1 (MQ=255) tGATGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGTCCGTa > 1:749426/1‑140 (MQ=255) aTGGTCAGGATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGTCCGTACt < 2:899404/140‑1 (MQ=255) ggATTGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGTCCGTACTTACGTAc < 1:272905/140‑1 (MQ=255) ttGTGAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGTCCGTACTTACGTACCgg < 2:937484/140‑1 (MQ=255) tgtgAGCGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGCGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGCCCGTACTTACGTACCGGc > 2:1324535/1‑140 (MQ=255) | AGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGGTTCTGACGTTTATAGCGTGACCTCCTTCACCGAGCTGGCGCGTGATGGTCAGGATTGTGAACGCTGGAACATGCTGCACCCGCTGGAAACTCCGCGCGTTCCGTATATCGCTCAGGTGATGAACGACGCTCCGGCAGTGGCATCTACCGACTATATGAAACTGTTCGCTGAGCAGGTCCGTACTTACGTACCGGC > NC_000913/125199‑125469 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |