| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,302,258 | (T)5→4 | coding (821/2052 nt) | mdtO ← | putative multidrug efflux pump subunit MdtO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,302,254 | 0 | T | . | 97.5% | 333.3 / 2.7 | 81 | coding (825/2052 nt) | mdtO | putative multidrug efflux pump subunit MdtO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base . (37/42); total (38/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
GTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCGCCAGT > NC_000913/4302115‑4302381 | gTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAt > 2:348505/1‑140 (MQ=255) ttGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAtt > 2:1184638/1‑140 (MQ=255) aacaacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAttttgt < 1:671620/140‑3 (MQ=255) aacaacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAttttgt > 1:1103873/1‑138 (MQ=255) aacaacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAttttgt > 2:121010/1‑138 (MQ=255) aacaacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAttttgt < 1:400986/140‑3 (MQ=255) caacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAttttgtcg < 2:857043/140‑5 (MQ=255) caacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAttttgtcg < 2:202283/140‑5 (MQ=255) aacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCgg < 1:62033/140‑1 (MQ=255) aacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCgg < 2:181669/140‑1 (MQ=255) cGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGaa > 1:95612/1‑140 (MQ=255) cGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGaa > 1:598386/1‑140 (MQ=255) cGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGaa < 2:598598/140‑1 (MQ=255) gTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAttttgt < 2:105986/134‑3 (MQ=255) gTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAttttgt > 1:105986/1‑132 (MQ=255) gTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAAt > 1:156105/1‑140 (MQ=255) gTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAAt > 1:583554/1‑140 (MQ=255) gTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAAt > 1:1184480/1‑140 (MQ=255) gTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAAt > 1:328626/1‑140 (MQ=255) tCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAAtt > 1:834868/1‑140 (MQ=255) aGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCaataa < 1:1079448/140‑1 (MQ=255) aGATATCCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCaataa < 2:703715/140‑1 (MQ=255) atatTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAAtt > 1:269111/1‑140 (MQ=255) tatTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCaataat > 2:1067760/1‑138 (MQ=255) tatTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCaataat < 1:1067760/138‑1 (MQ=255) tatTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCaataa > 1:1206241/1‑137 (MQ=255) tatTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCaataa < 2:1206241/137‑1 (MQ=255) atTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGc > 2:67223/1‑140 (MQ=255) atTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTAGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGc > 2:1102334/1‑140 (MQ=255) cAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTgaga < 2:231899/140‑1 (MQ=255) gTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATc > 2:886242/1‑140 (MQ=255) aCATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGc > 1:902776/1‑140 (MQ=255) cATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCa > 2:1214854/1‑140 (MQ=255) aTTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCaa < 1:571851/140‑1 (MQ=255) tCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCaaaa < 1:67223/140‑1 (MQ=255) cccGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAag > 1:261270/1‑140 (MQ=255) ccGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAaga < 2:261270/140‑1 (MQ=255) cGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAagag > 1:1118858/1‑140 (MQ=255) gTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAgg < 2:902776/140‑1 (MQ=255) tGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTgaga < 2:707474/125‑1 (MQ=255) tGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTgaga > 1:707474/1‑125 (MQ=255) tGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGt < 1:291099/140‑1 (MQ=255) tGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGt > 2:442031/1‑140 (MQ=255) cgccATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTggg > 2:469599/1‑140 (MQ=255) ccATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGAt > 2:424103/1‑140 (MQ=255) ccATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGAt < 2:95612/140‑1 (MQ=255) gCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAg < 2:451493/140‑1 (MQ=255) tcactttcactGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGa > 1:453780/1‑140 (MQ=255) actttcactGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGAtt > 1:831001/1‑140 (MQ=255) cactGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCg < 2:831001/140‑1 (MQ=255) cactGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCg < 1:442031/140‑1 (MQ=255) cactGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCg < 2:269111/140‑1 (MQ=255) actGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTTGCGATTCAGCGt < 2:1118858/140‑1 (MQ=255) ctGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTT‑‑TCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCg < 2:253093/137‑1 (MQ=255) ctGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTT‑‑TCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCg > 1:253093/1‑137 (MQ=255) gATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGa < 2:453780/140‑1 (MQ=255) aTCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGt > 2:206436/1‑136 (MQ=255) aTCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGt < 1:206436/136‑1 (MQ=255) aTCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAg < 2:1122618/140‑1 (MQ=255) aTCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAg < 1:1214854/140‑1 (MQ=255) tCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGt < 2:156105/140‑1 (MQ=255) tCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGt < 2:583554/140‑1 (MQ=255) tCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGt < 2:593231/140‑1 (MQ=255) ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTa > 2:576590/1‑140 (MQ=255) ccAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAAt < 1:1102334/140‑1 (MQ=255) ccAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAAt > 2:200293/1‑140 (MQ=255) cGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAg < 1:363217/130‑1 (MQ=255) cGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAg > 2:363217/1‑130 (MQ=255) cGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAgg > 1:476522/1‑140 (MQ=255) gCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGt < 1:121010/140‑1 (MQ=255) ccAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGt < 1:273576/140‑1 (MQ=255) ccAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGt < 2:125176/140‑1 (MQ=255) aGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTg < 1:886242/140‑1 (MQ=255) gCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGc < 1:1184638/140‑1 (MQ=255) aCTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCGGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCa < 2:301853/140‑1 (MQ=255) cTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCAc > 1:1178979/1‑140 (MQ=255) tGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACg < 2:328626/140‑1 (MQ=255) gACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGc < 1:348505/140‑1 (MQ=255) gACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGc < 1:576590/140‑1 (MQ=255) cAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCttt > 2:199028/1‑140 (MQ=255) aCGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAg > 1:630601/1‑131 (MQ=255) aCGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAg < 2:630601/131‑1 (MQ=255) aCGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGccac > 2:161168/1‑140 (MQ=255) cGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGccacc > 2:1040248/1‑140 (MQ=255) ggCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGccacca > 1:817757/1‑140 (MQ=255) tgctgcAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCg > 2:1009459/1‑140 (MQ=255) ctgcAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGtt > 1:172744/1‑140 (MQ=255) gCTTGTTGATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAg < 1:161168/140‑1 (MQ=255) gttgATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCg < 1:1108347/140‑1 (MQ=255) ttgATTTCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCGc > 1:374568/1‑140 (MQ=255) tttCTGAAGCTAA‑TTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCGCCAGt < 1:998304/140‑1 (MQ=255) | GTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCGCCAGT > NC_000913/4302115‑4302381 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |