| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 196,329 | T→C | V218A (GTC→GCC) | cdsA → | CDP‑diglyceride synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 196,329 | 0 | T | C | 98.9% | 325.0 / ‑4.4 | 89 | V218A (GTC→GCC) | cdsA | CDP‑diglyceride synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (35/53); total (36/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
CAAATTGTTTGGTAAACATAAGCTGGCACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGTCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCGCAGCGTTAGCCTCAGTGCTCGGCGATCTGACCGAGAGTATGTTTAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCG > NC_000913/196192‑196464 | cAAATTGTTTGGTAAACATAAGCTGGCACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCa > 1:1155810/1‑140 (MQ=255) aTTGTTTGGTAAACATAAGCTGGCACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCt > 2:578233/1‑140 (MQ=255) tGTTTGGTAAACATAAGCTGGCACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTa < 1:76854/140‑1 (MQ=255) ggTAAACATAAGCTGGCACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCAt < 2:1155810/140‑1 (MQ=255) ggTAAACATAAGCTGGCACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCAt < 2:106756/140‑1 (MQ=255) gCTGGCACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCATTTGCTCTATTg > 1:754970/1‑140 (MQ=255) ggCACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCg < 1:267264/140‑1 (MQ=255) gCACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCGc < 2:723152/140‑1 (MQ=255) cACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTTGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCGCa < 2:61572/140‑1 (MQ=255) cACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCg > 1:1067797/1‑138 (MQ=255) cACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCg < 2:1067797/138‑1 (MQ=255) cACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCGCa < 2:17862/140‑1 (MQ=255) cACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCGCa > 1:1218915/1‑140 (MQ=255) cACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCGCa > 1:1079858/1‑140 (MQ=255) aCCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCg < 2:227947/137‑1 (MQ=255) aCCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGCCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCg > 1:227947/1‑137 (MQ=255) 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< 1:664855/140‑1 (MQ=255) | CAAATTGTTTGGTAAACATAAGCTGGCACCGAAGGTTTCTCCGGGTAAAACCTGGCAAGGCTTTATCGGTGGACTCGCTACTGCAGCGGTAATCTCATGGGGTTATGGCATGTGGGCGAATCTCGACGTCGCTCCCGTCACCTTACTCATTTGCTCTATTGTCGCAGCGTTAGCCTCAGTGCTCGGCGATCTGACCGAGAGTATGTTTAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCG > NC_000913/196192‑196464 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |