| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,456,803 | (C)6→7 | coding (427/1953 nt) | gspD → | Type II secretion system protein GspD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,456,797 | 1 | . | C | 95.5% | 225.2 / 3.3 | 66 | coding (421/1953 nt) | gspD | Type II secretion system protein GspD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base C (28/35); total (29/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
TGGTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAGCGCGTTG > NC_000913/3456661‑3456929 | tGGTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑ccc > 1:39359/1‑140 (MQ=255) ggTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑cccc > 2:241789/1‑140 (MQ=255) ggTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑cccc > 2:27945/1‑140 (MQ=255) tttCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑ccccccc < 2:162072/140‑2 (MQ=255) ttCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑ccccccct < 1:901001/140‑3 (MQ=255) ttCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑ccccccct > 1:1076408/1‑138 (MQ=255) tCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑ccccccctg < 1:241789/140‑4 (MQ=255) tCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑ccccccctg < 1:197787/140‑4 (MQ=255) tGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑ccccccctgct < 1:640903/140‑6 (MQ=255) aGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGc > 2:309411/1‑140 (MQ=255) aGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGc < 2:583547/140‑1 (MQ=255) aGTGGTTCGCTAAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGc < 1:455190/140‑1 (MQ=255) tCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAgatg < 1:925016/140‑1 (MQ=255) cGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAgatga < 1:105128/140‑1 (MQ=255) gCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAgatgat > 2:952109/1‑140 (MQ=255) cTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGatgatg < 1:136533/140‑1 (MQ=255) cAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGTATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATgatgga < 1:120546/140‑1 (MQ=255) cAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATgatgga < 1:952109/140‑1 (MQ=255) aTGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCggg > 1:139569/1‑140 (MQ=255) aaaaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 1:29556/140‑1 (MQ=255) aaaaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:139569/140‑1 (MQ=255) aaaaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCACGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTCGC‑‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:959197/140‑1 (MQ=255) aaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGt < 1:933554/140‑1 (MQ=255) aaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTc > 2:399103/1‑140 (MQ=255) aaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTc > 1:640763/1‑140 (MQ=255) aTCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGt > 2:915569/1‑140 (MQ=255) tCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTa < 1:527096/140‑1 (MQ=255) cGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTaa > 1:55145/1‑140 (MQ=255) cGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTaa > 1:827335/1‑140 (MQ=255) cGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTaa > 1:823868/1‑140 (MQ=255) ggATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgttgt < 1:309411/140‑1 (MQ=255) ggATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgttgt < 2:39359/140‑1 (MQ=255) ggATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgttgt < 2:21438/140‑1 (MQ=255) gatgatTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTtgtg < 2:1080652/140‑1 (MQ=255) atTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCAtt < 1:181998/140‑1 (MQ=255) tGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGaa > 2:397302/1‑140 (MQ=255) aCAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGGAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAAcc > 1:180525/1‑140 (MQ=255) gTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTc > 1:1026748/1‑140 (MQ=255) gTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTc > 2:930184/1‑140 (MQ=255) ctcGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCaa > 1:639495/1‑140 (MQ=255) tcGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGCCCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCaa > 1:39405/1‑140 (MQ=255) tcGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAAc > 1:740675/1‑140 (MQ=255) ggCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTa < 1:915569/140‑1 (MQ=255) ggCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTa > 2:916022/1‑140 (MQ=255) tAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCt < 2:823868/140‑1 (MQ=255) gTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGAc < 2:1026748/140‑1 (MQ=255) tgatgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGAcc > 1:755780/1‑140 (MQ=255) tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt > 1:1018792/1‑140 (MQ=255) tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt < 2:514051/140‑1 (MQ=255) tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt > 1:435183/1‑140 (MQ=255) gaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTc < 1:510233/140‑1 (MQ=255) gTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGt < 2:827335/140‑1 (MQ=255) ttGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTg > 1:111289/1‑140 (MQ=255) ggTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCATCGGTAATGTTGTTCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGcc > 2:1014651/1‑140 (MQ=255) tCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTc < 1:397302/140‑1 (MQ=255) aCCCGAATTGTACCGCTGGAAAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑AG‑‑CGCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTGGTGTCGGTAATGTTGTGCATTATGATCACGACAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTccac < 2:513467/140‑1 (MQ=255) cccGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTccac < 2:111289/140‑1 (MQ=255) cccGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTccac < 2:755780/140‑1 (MQ=255) cccGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTccac < 2:740675/140‑1 (MQ=255) cccGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTccac < 2:435183/140‑1 (MQ=255) cccGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTccac < 2:639495/140‑1 (MQ=255) tGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATtaat > 1:518734/1‑140 (MQ=255) cTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTccac > 1:78079/1‑125 (MQ=255) cTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTccac < 2:78079/125‑1 (MQ=255) ttGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGAt < 1:27945/140‑1 (MQ=255) gagaACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTg < 2:55145/140‑1 (MQ=255) gagaACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTg < 1:930184/140‑1 (MQ=255) gagaACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTg < 2:1076408/140‑1 (MQ=255) ttCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCAt > 1:914179/1‑140 (MQ=255) tCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATa > 2:322028/1‑140 (MQ=255) tCCTGCTCGTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATa < 1:322028/140‑1 (MQ=255) gTGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGT‑ATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAGCGCGtt > 1:52789/1‑140 (MQ=255) tGACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGT‑ATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAGCGCGTTg < 2:52789/140‑1 (MQ=255) gACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAGCGCGTTg > 2:432243/1‑140 (MQ=255) gACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAGCGCGTTg > 1:601164/1‑140 (MQ=255) gACCT‑GGC‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAGCGCGTTg < 2:1018792/140‑1 (MQ=255) | TGGTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCT‑GG‑‑CCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAGCGCGTTG > NC_000913/3456661‑3456929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |