Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,602,017 | (C)7→8 | coding (200/2019 nt) | hyfB → | hydrogenase 4 component B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,602,010 | 1 | . | C | 92.7% | 135.0 / 3.8 | 41 | coding (193/2019 nt) | hyfB | hydrogenase 4 component B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base C (16/22); total (18/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
CTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGA > NC_000913/2601872‑2602137 | cTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑c > 1:470173/1‑140 (MQ=255) gCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑cccc < 2:406188/140‑1 (MQ=255) gCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑cccc < 2:210053/140‑1 (MQ=255) cTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑ccccc < 1:130045/140‑1 (MQ=255) gCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑cccccccct > 2:321869/1‑138 (MQ=255) cTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑cccccccctt < 1:607150/140‑4 (MQ=255) cTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCCctt > 2:607150/1‑140 (MQ=255) tCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGc < 2:784114/140‑1 (MQ=255) gTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGa > 2:484081/1‑140 (MQ=255) gTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGa > 2:255847/1‑140 (MQ=255) tCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGAt < 1:753591/140‑1 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 1:522808/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 2:700477/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 1:689703/1‑140 (MQ=255) aCTGACTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 2:371694/1‑140 (MQ=255) cTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGa > 2:559381/1‑140 (MQ=255) tGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCg < 1:740053/140‑1 (MQ=255) gCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGaa < 1:321869/140‑1 (MQ=255) gCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGaa < 2:522808/140‑1 (MQ=255) cTATTAAGCTTCCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGACTTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGACTTCGCCGATTTAACCCTGCGAAt > 2:280748/1‑140 (MQ=255) tCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCctct < 1:484081/140‑1 (MQ=255) ccGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCtctc < 1:496904/140‑1 (MQ=255) tCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCAtt > 2:166563/1‑140 (MQ=255) gCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTg > 1:229886/1‑140 (MQ=255) gCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTg < 2:650884/140‑1 (MQ=255) cTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGc < 1:819455/140‑1 (MQ=255) cTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGc < 1:392094/140‑1 (MQ=255) ggcggcGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGt > 2:651389/1‑138 (MQ=255) ggcggcGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGt < 1:651389/138‑1 (MQ=255) ggcggcGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTa < 1:700477/140‑1 (MQ=255) cggcgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAtc > 2:194963/1‑140 (MQ=255) cggcgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAtc > 1:637791/1‑140 (MQ=255) cgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTcc > 2:483000/1‑140 (MQ=255) tGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtg < 2:637791/140‑1 (MQ=255) catcatCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtg < 2:470173/140‑1 (MQ=255) tcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTggtggtggt < 2:229886/140‑1 (MQ=255) tcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTggtggtggt < 2:443121/140‑1 (MQ=255) caGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGtt > 2:830244/1‑140 (MQ=255) caGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGtt > 1:168179/1‑140 (MQ=255) cGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt < 2:186301/140‑1 (MQ=255) cGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt < 2:689703/140‑1 (MQ=255) gAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtc < 1:775431/140‑1 (MQ=255) ttACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctct < 2:405891/140‑1 (MQ=255) ttACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctct < 1:334391/140‑1 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAt < 1:817706/130‑1 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAt > 2:817706/1‑130 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat < 1:371694/140‑1 (MQ=255) ttAGTCGCCCGTTTTG‑‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAc < 1:559381/140‑1 (MQ=255) tCGCCCGTTTTGCCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGa > 1:401509/1‑140 (MQ=255) | CTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGA > NC_000913/2601872‑2602137 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |