Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	4,290,746	A→G	T91A (ACC→GCC)	nrfD →	putative menaquinol‑cytochrome c reductase subunit NrfD

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,290,746	0	A	G	100.0%	136.8 / NA	38	T91A (ACC→GCC)	nrfD	putative menaquinol‑cytochrome c reductase subunit NrfD
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (18/20);  total (18/20)

CGGGCGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTACCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCGAAGCTGGGGATCGTGCAAA  >  NC_000913/4290609‑4290881                                                                                                                                          |                                                                                                                                        cgggcggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGcc                                                                                                                                       <  1:641864/140‑1 (MQ=255)  gggcggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCt                                                                                                                                      <  1:241288/140‑1 (MQ=255)         gCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGAt                                                                                                                               <  2:355161/140‑1 (MQ=255)               aGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGAt                                                                                                                         <  2:441194/140‑1 (MQ=255)                 tACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGAt                                                                                                                               >  1:118527/1‑132 (MQ=255)                 tACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGAt                                                                                                                               <  2:118527/132‑1 (MQ=255)                         tgcGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATg                                                                                                               <  2:738491/140‑1 (MQ=255)                                  cGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAg                                                                                                      <  1:100933/140‑1 (MQ=255)                                          gTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACAt                                                                                              >  2:117959/1‑140 (MQ=255)                                             gggccgggcGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACAtggt                                                                                           <  2:441004/140‑1 (MQ=255)                                                   ggcGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGtggtgct                                                                                     <  1:617782/140‑1 (MQ=255)                                                   ggcGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGtggtgc                                                                                      <  1:92116/139‑1 (MQ=255)                                                   ggcGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGtggtgc                                                                                      >  2:92116/1‑139 (MQ=255)                                                                   gTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCg                                                                     <  1:171011/140‑1 (MQ=255)                                                                        ttGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAAt                                                                >  1:215569/1‑140 (MQ=255)                                                                          gATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCt                                                              <  1:356371/140‑1 (MQ=255)                                                                              cTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGa                                                          >  1:113712/1‑140 (MQ=255)                                                                                  tCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACAt                                                      >  1:236637/1‑140 (MQ=255)                                                                                             aCAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGCGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAAACTTTGAACATGATttgcttgc                                           >  2:459845/1‑140 (MQ=255)                                                                                              cAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGcc                                          >  2:367387/1‑140 (MQ=255)                                                                                                    cGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGcaa                                    >  2:474493/1‑140 (MQ=255)                                                                                                      tGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGcaaca                                  >  2:186044/1‑140 (MQ=255)                                                                                                      tGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGcaaca                                  >  2:506748/1‑140 (MQ=255)                                                                                                        gACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCaacaac                                <  1:429074/140‑1 (MQ=255)                                                                                                            ttCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTg                            <  2:113712/140‑1 (MQ=255)                                                                                                             tCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATttgcttg                                            <  1:775530/123‑1 (MQ=255)                                                                                                             tCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATttgcttg                                            >  2:775530/1‑123 (MQ=255)                                                                                                             tCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTgg                           >  2:783633/1‑140 (MQ=255)                                                                                                              cTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGt                          >  2:353150/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                   aGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCg                     <  1:74146/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                   aGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCg                     <  1:117959/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                   aGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCg                     <  2:707939/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                   aGCTGATGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCg                     <  1:367387/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                        aTGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCGAAGCt                >  1:534491/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                         tGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCg                     <  1:357885/134‑1 (MQ=255)                                                                                                                         tGTTCCACTACAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCg                     >  2:357885/1‑134 (MQ=255)                                                                                                                                  aCAGTTTTGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCGAAGCTGGGGATCGTg      >  1:604679/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                                      ttttGCCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCGAAGCTGGGGATCGTGCaaa  >  2:437263/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                                          |                                                                                                                                        CGGGCGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTACCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCGAAGCTGGGGATCGTGCAAA  >  NC_000913/4290609‑4290881

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑