| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,219,997 | A→G | pseudogene (397/2648 nt) | ycgH → | putative transporter component, N‑terminal fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,219,997 | 0 | A | G | 98.3% | 436.3 / ‑5.7 | 117 | pseudogene (397/2648 nt) | ycgH | putative transporter component, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (81/34); total (82/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATGGTGATAATTCAGTCGAGTCGGGTGGGGCATATTCAGCGGGACTTTTAAGCCAGGTTAATGATTCTGAAAAGATGGTAAATAACACCCGTCTTGAAACCACAGATAAAACGAACATTGTTAC > NC_000913/1219861‑1220133 | aTCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCa < 1:1435622/140‑1 (MQ=255) tCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCAt > 2:947363/1‑140 (MQ=255) tCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCag < 1:1031319/140‑1 (MQ=255) cAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCagt > 2:1058461/1‑140 (MQ=255) aaaCAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCagtcg > 1:563805/1‑140 (MQ=255) aCAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCagtcgag < 1:369970/140‑1 (MQ=255) tattatATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCAGTCGAGTCGGGt < 1:1325181/140‑1 (MQ=255) ataAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCAGTCGAGTCGGGTGGGGCata > 2:1256314/1‑140 (MQ=255) aaGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGTTAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCAGTCGAGTCGGGTGGGGCATAtt > 2:696083/1‑140 (MQ=255) aaGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCAGTCGAGTCGGGTGGGGCATAtt > 2:279214/1‑140 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> 1:624304/1‑140 (MQ=255) agcgataTTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCAGTCGAGTCGGGTGGGGCATATTCAGCggg < 1:1240/140‑1 (MQ=255) agcgataTTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCAGTCGAGTCGGGTGGGGCATATTCAGCggg > 1:1401972/1‑140 (MQ=255) agcgataTTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCAGTCGAGTCGGGTGGGGCATATTCAGCggg > 2:853082/1‑140 (MQ=255) agcgataTTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCGCCATCTTTATGAATGGTGATAATTCAGTCGAGTCGGGT‑GGGCATATTCAGCGGGa > 1:1054301/1‑140 (MQ=255) agcgataTTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATGGTGATAATTCAGTCGAGTCGGGTGGGGCATATTCAGCggg > 1:1189023/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |