| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,361,490 | A→G | S149P (TCC→CCC) | cadC ← | DNA‑binding transcriptional activator CadC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,361,490 | 0 | A | G | 99.0% | 372.7 / ‑3.4 | 101 | coding (445/1539 nt) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (69/31); minor base . (1/0); total (70/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
AGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGC > NC_000913/4361354‑4361612 | aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTg > 2:1245284/1‑140 (MQ=255)aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTg > 2:925572/1‑140 (MQ=255)aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTg > 1:108166/1‑140 (MQ=255)aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTg > 1:910631/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCg < 2:155907/140‑1 (MQ=255) gCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCgg < 2:954118/140‑1 (MQ=255) cTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGgt < 2:447042/140‑1 (MQ=255) tCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATTCCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGgtg > 1:259912/1‑140 (MQ=255) tAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGttt > 1:62198/1‑140 (MQ=255) tAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGttt < 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(MQ=255) gtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAg > 2:663710/1‑140 (MQ=255) gtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGCGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAg > 1:1196114/1‑140 (MQ=255) tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa < 1:1343619/140‑1 (MQ=255) tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa > 1:711550/1‑140 (MQ=255) tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa < 2:1450471/140‑1 (MQ=255) aTCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGAc > 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AGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGC > NC_000913/4361354‑4361612 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |