| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,137,847 | T→C | intergenic (‑604/‑55) | wza ← / → yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,137,847 | 0 | T | C | 98.6% | 263.8 / ‑5.2 | 71 | intergenic (‑604/‑55) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (45/25); minor base G (1/0); total (46/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTTATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATA > NC_000913/2137713‑2137980 | ataGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCa < 1:344480/140‑1 (MQ=255) tgtCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGAt > 1:1090376/1‑140 (MQ=255) tgtCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGAt > 2:1199109/1‑140 (MQ=255) tgtCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGAt > 2:1414446/1‑140 (MQ=255) tgtCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGAt > 1:1285071/1‑140 (MQ=255) tgtCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGAt > 2:732806/1‑140 (MQ=255) tgtCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGAt > 2:543810/1‑140 (MQ=255) tgtCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGAt > 1:1501040/1‑140 (MQ=255) tctcCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCg > 2:827659/1‑140 (MQ=255) tctcCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCg > 2:1480603/1‑140 (MQ=255) tcCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGaa > 2:1452226/1‑140 (MQ=255) tGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTCTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGa > 2:1155699/1‑140 (MQ=255) gATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACAt < 1:857584/140‑1 (MQ=255) gATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTCGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACAt < 2:550805/140‑1 (MQ=255) ataatGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGAc < 1:157735/126‑1 (MQ=255) ataatGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGAc > 2:157735/1‑126 (MQ=255) aatGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGa > 1:1232967/1‑140 (MQ=255) tGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAAt > 1:405578/1‑140 (MQ=255) tGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAAt < 2:1090376/140‑1 (MQ=255) ttttATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAg > 2:1445998/1‑140 (MQ=255) tattattaCCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGtt < 2:411922/140‑1 (MQ=255) tattattaCCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGtt > 1:1421418/1‑140 (MQ=255) attaCCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGt < 1:1408292/140‑1 (MQ=255) aCCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGtact > 2:633136/1‑140 (MQ=255) aCCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGtact < 1:1414446/140‑1 (MQ=255) cTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGtacttact < 2:1289681/140‑1 (MQ=255) ttttAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTa > 1:618141/1‑140 (MQ=255) ttttAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTa > 2:1115559/1‑140 (MQ=255) tttAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTat > 2:850176/1‑140 (MQ=255) aTTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTatggaa < 1:827659/140‑1 (MQ=255) ttCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTatggaat > 1:51784/1‑140 (MQ=255) gggATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGAt > 2:1490681/1‑140 (MQ=255) aaTGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCg < 1:1199109/140‑1 (MQ=255) aTGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGa > 1:242949/1‑140 (MQ=255) aTGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGa < 2:1297950/140‑1 (MQ=255) aGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGt < 1:1480603/140‑1 (MQ=255) ttattaCCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTa < 2:405578/140‑1 (MQ=255) attaCCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATc > 1:1107996/1‑140 (MQ=255) attaCCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATc > 2:644294/1‑140 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2:544228/1‑140 (MQ=255) gagaTAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACg < 1:1445998/140‑1 (MQ=255) gagaTAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACg < 1:633136/140‑1 (MQ=255) agaTAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGc > 1:168412/1‑140 (MQ=255) aTAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTg > 2:1362623/1‑140 (MQ=255) aTAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTg > 2:501437/1‑140 (MQ=255) aaaTAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGAt > 2:1400373/1‑140 (MQ=255) aTAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATtg > 2:1345669/1‑140 (MQ=255) tgctgcAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGAt > 1:877103/1‑140 (MQ=255) tgctgcAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGAt > 1:408881/1‑140 (MQ=255) tgctgcAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGAt > 2:924370/1‑140 (MQ=255) tgctgcAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGAt > 2:92949/1‑140 (MQ=255) gctgcAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATc > 1:975166/1‑140 (MQ=255) ctgcAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCg > 1:928979/1‑140 (MQ=255) cAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAAc < 1:850176/140‑1 (MQ=255) cAACATTGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAAc > 2:951698/1‑140 (MQ=255) ttGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTc > 2:634312/1‑140 (MQ=255) tGCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTcc < 2:618141/140‑1 (MQ=255) tGCATTTTGGCCCCGATTCATCCATTATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTcc < 2:1285071/140‑1 (MQ=255) gCATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCt < 1:543810/140‑1 (MQ=255) cATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTc > 2:1321610/1‑140 (MQ=255) cATTTTTGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTc > 1:1279427/1‑140 (MQ=255) tttttGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCgg < 2:1107996/140‑1 (MQ=255) tttttGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCgg < 2:993559/140‑1 (MQ=255) ttttGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGc < 2:242949/140‑1 (MQ=255) ttttGCCCCGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGc < 2:1415966/140‑1 (MQ=255) ccGATTCATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATa > 1:997975/1‑140 (MQ=255) | ATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTTATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATA > NC_000913/2137713‑2137980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |