| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,273,700 | T→C | V446A (GTA→GCA) | yejA → | putative oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,273,700 | 0 | T | C | 98.5% | 253.4 / ‑4.5 | 68 | V446A (GTA→GCA) | yejA | putative oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (35/32); total (35/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
TGACAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGTATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGACTATGACATGATGCCGCGCGTATGGCGGGCGATGCCGTG > NC_000913/2273563‑2273835 | tGACAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCAt > 2:946874/1‑140 (MQ=255)tGACAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCAt > 1:120983/1‑140 (MQ=255)tGACAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCAt > 2:894809/1‑140 (MQ=255)tGACAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCAt > 2:1006556/1‑140 (MQ=255)tGACAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCAt > 2:301082/1‑140 (MQ=255)tGACAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCAt > 2:349937/1‑140 (MQ=255)tGACAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCAt > 2:662222/1‑140 (MQ=255) cAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGc < 2:667016/140‑1 (MQ=255) cAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGc < 1:616534/140‑1 (MQ=255) cAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGc < 2:434841/140‑1 (MQ=255) tAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAg > 2:1047455/1‑140 (MQ=255) aaaGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGca < 1:513512/140‑1 (MQ=255) gCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAg > 1:1346341/1‑140 (MQ=255) ccGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGc > 2:184338/1‑140 (MQ=255) cAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGc < 1:1413273/140‑1 (MQ=255) aaCTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCaa < 1:301082/140‑1 (MQ=255) ttCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACgg < 2:1464624/140‑1 (MQ=255) ttCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACgg < 2:638189/140‑1 (MQ=255) ttCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACgg < 2:1018426/140‑1 (MQ=255) tctcAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGc < 2:459753/140‑1 (MQ=255) tctcAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGc < 1:933773/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCa > 1:831233/1‑140 (MQ=255) aGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCa > 2:190925/1‑140 (MQ=255) cGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAAc > 2:206791/1‑140 (MQ=255) gCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATg > 2:1017483/1‑140 (MQ=255) ggTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACa > 1:256236/1‑140 (MQ=255) gCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTc < 2:1382322/140‑1 (MQ=255) ggTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGt > 2:421060/1‑140 (MQ=255) cgcgTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTc > 2:876895/1‑140 (MQ=255) cgcgTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTc > 1:1035752/1‑140 (MQ=255) gcgTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCg > 2:1116231/1‑140 (MQ=255) cgTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGc > 1:47924/1‑140 (MQ=255) cgTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGc < 2:1490077/140‑1 (MQ=255) ttAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCaa < 1:301935/140‑1 (MQ=255) cacaACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTa < 2:256236/140‑1 (MQ=255) gggTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCa < 2:1346341/140‑1 (MQ=255) cAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATgcg > 2:1105730/1‑140 (MQ=255) cAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATgcg < 2:831233/140‑1 (MQ=255) cAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATgcg < 2:464861/140‑1 (MQ=255) aGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGTATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATgcgc < 2:672929/140‑1 (MQ=255) cTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTcg < 2:120983/140‑1 (MQ=255) tCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTcgg > 1:769955/1‑139 (MQ=255) tCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTcgc > 2:851304/1‑140 (MQ=255) cAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCTGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTcgcg > 2:904979/1‑140 (MQ=255) cAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTcgcg > 1:665562/1‑140 (MQ=255) gCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGAc < 2:1035752/140‑1 (MQ=255) gCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCACGAc < 1:662222/140‑1 (MQ=255) aaTTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGACTATGAc > 1:1224134/1‑140 (MQ=255) aaTTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGACTATGAc > 1:1015051/1‑140 (MQ=255) aaTTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGACTATGAc < 1:349937/140‑1 (MQ=255) ttGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGACTATGACatgat > 1:398267/1‑140 (MQ=255) ttGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGACTATGACatgat > 1:898935/1‑140 (MQ=255) gCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGACTATGACATGATGc < 1:137945/140‑1 (MQ=255) gCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGACTATGACATGATGc < 2:23398/140‑1 (MQ=255) cTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGACTATGACATGATGcc < 1:359518/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGGCATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGACTATGACATGATGCCGCGCGTATGGCGGGCGATGCCGTg > 2:708174/1‑140 (MQ=255) | TGACAACCTGTTAAAAGCCGACAAACTTCTCAACGAAGCGGGCTGGGTGCTGAAGGGTCAGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAATAGTCAGTGGGTATTGCCGTTCCAGCACAGCCTGCAACGGCTGGGTATCAACATGGACATTCGCAAGGTGGATAACTCGCAAATCACTAACCGCATGCGCAGTCGCGACTATGACATGATGCCGCGCGTATGGCGGGCGATGCCGTG > NC_000913/2273563‑2273835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |