Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 4,361,448 | (A)8→7 | coding (487/1539 nt) | cadC ← | DNA‑binding transcriptional activator CadC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,361,441 | 0 | A | . | 95.4% | 422.2 / 16.0 | 108 | coding (494/1539 nt) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/2); new base . (68/35); total (71/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGA > NC_000913/4361305‑4361575 | gCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaa > 1:684161/1‑140 (MQ=255) gTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaaaaa > 2:1241776/1‑140 (MQ=255) ttACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaaaaac > 1:546414/1‑139 (MQ=255) aCAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaaaaacca < 1:357209/140‑4 (MQ=255) aCAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAAcc > 1:166920/1‑140 (MQ=255) cAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaaaaaccat < 1:217045/140‑5 (MQ=255) aCTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATAc < 2:979623/140‑1 (MQ=255) tatttaCCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTTAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCaaa > 1:568200/1‑140 (MQ=255) cATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGt > 1:1418433/1‑140 (MQ=255) aTGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGt > 1:704353/1‑140 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cAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTc > 1:981211/1‑140 (MQ=255) cAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTc < 1:28525/140‑1 (MQ=255) aaTACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAgg > 1:926418/1‑140 (MQ=255) aaTACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAgg < 2:953138/140‑1 (MQ=255) gcgATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCg < 2:684161/140‑1 (MQ=255) ttGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCg < 1:1349214/140‑1 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1:170918/1‑140 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:1208453/1‑140 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:428064/1‑140 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 2:1143773/1‑140 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:520739/1‑140 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 2:1035346/1‑140 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 2:1015565/1‑140 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 2:518845/1‑140 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 2:1003472/1‑140 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAAATGGGGATTGTTCAGGTGGAGTTGCGGAGCTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGGGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:1493170/1‑140 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAACCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:1076076/1‑140 (MQ=255) aTACCTAACGACAAC‑GGGAAAAAACCCATCCCAAAAAGGAAGTGATTCGTTTTCTTTTACCGGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGGGGTTTTTTGAAGGTTAAGCCTGGGGGAGGGAAAATCTGTGGCAGGAACCGCctct < 2:556069/140‑1 (MQ=255) aaCGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGtata > 1:798119/1‑140 (MQ=255) acaacaGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAgggg > 1:73856/1‑140 (MQ=255) acaacaGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGGAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGCGGTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCCCCTCTGGTGTAgggg > 2:357393/1‑140 (MQ=255) acaaca‑GAAAAAAACCCATCCCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACGGGGGATTGTTCGGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACGGGGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAgggg < 2:635454/140‑1 (MQ=255) aacaGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGa > 1:161316/1‑140 (MQ=255) | GCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGA > NC_000913/4361305‑4361575 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |