Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,213,761 | 0 | A | C | 24.1% | 223.5 / 19.5 | 87 | G121G (GGT→GGG) | yjaB | putative N‑acetyltransferase YjaB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/22); new base C (0/21); total (44/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.39e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCG > NC_000913/4213622‑4213900 | gtCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTaaaa > 2:666952/1‑140 (MQ=255) gtCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTaaaa > 2:1378278/1‑140 (MQ=255) gtCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTaaaa > 1:188966/1‑140 (MQ=255) gtCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTaaaa > 1:143487/1‑140 (MQ=255) tCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAAc > 2:617929/1‑140 (MQ=255) tCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAAc > 1:175318/1‑140 (MQ=255) cACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAAcc < 2:962277/140‑1 (MQ=255) aCCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAAccc > 2:741526/1‑140 (MQ=255) ccATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCa < 1:417747/140‑1 (MQ=255) ccATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCa < 2:715032/140‑1 (MQ=255) ccATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCa < 1:906818/140‑1 (MQ=255) ccATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCa < 2:227758/140‑1 (MQ=255) ccATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCa < 1:512381/140‑1 (MQ=255) ccATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCa < 1:303438/140‑1 (MQ=255) ccATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCa < 2:815615/140‑1 (MQ=255) ccATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCa < 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> 1:778286/1‑140 (MQ=255) tggGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACcttctt > 1:47387/1‑140 (MQ=255) ggTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTtat > 2:1482791/1‑140 (MQ=255) ggTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTtat > 2:122435/1‑140 (MQ=255) tACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAg < 2:526505/140‑1 (MQ=255) tACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAg > 1:1233477/1‑140 (MQ=255) 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cTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTACCCTTAAAACCCCCCTTCTTATAGAACCCAAc < 2:47748/140‑1 (MQ=255) cTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAACCGTCCCCCTCAGAGCGCCCCGTACCCTTAAACCCCCCCTTCTTATAGACCCCAAc < 2:441375/140‑1 (MQ=38) gAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCg > 1:1306153/1‑140 (MQ=255) gAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCg > 1:1507519/1‑140 (MQ=255) gAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCg > 2:198360/1‑140 (MQ=255) aaGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGc > 1:410649/1‑140 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(MQ=255) agCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGcaca > 1:779706/1‑140 (MQ=255) tCCCGTAACCTTAAACCCCCCCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAg < 1:154971/140‑1 (MQ=255) tCCCGTAACCTTAAACCCCACCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAg < 2:1201952/140‑1 (MQ=255) tCCCGTAACCTTAAACCCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAg < 1:198360/140‑1 (MQ=255) tCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAg > 2:1180284/1‑140 (MQ=255) ccccGTACCCTTAAACCCCCCCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAg < 2:778286/139‑1 (MQ=255) ccccGTAACCTTAAACCCCCCCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAg < 1:154264/139‑1 (MQ=255) ccccGTAACCTTAAACCCCACCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAg < 1:666952/139‑1 (MQ=255) cccGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCTCGCACATCAgg > 2:960977/1‑140 (MQ=255) cccGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAgg > 2:1092520/1‑140 (MQ=255) cccGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAgg > 1:749232/1‑140 (MQ=255) cccGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAgg > 1:362174/1‑140 (MQ=255) cccGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAgg > 1:1495570/1‑140 (MQ=255) cccGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAgg > 1:1254903/1‑140 (MQ=255) ccGTAACTTTAAACCCCCCCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGa < 2:1507519/140‑1 (MQ=255) ccGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGa < 1:114888/140‑1 (MQ=255) gTAACCTTAAACCCCCCCTTCTTAAAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATc < 1:1532762/140‑1 (MQ=255) tAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAAc > 1:67792/1‑140 (MQ=255) aaaCCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAg > 2:981121/1‑140 (MQ=255) aCCCACTTTTTTATCAAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCCGTACCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGTCCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 2:1403043/140‑1 (MQ=255) aCCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAgcg < 1:465816/140‑1 (MQ=255) | GTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCG > NC_000913/4213622‑4213900 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |