Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,604,295 | T→C | G83G (GGT→GGC) | lsrD → | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,604,295 | 0 | T | C | 97.9% | 162.5 / ‑4.5 | 47 | G83G (GGT→GGC) | lsrD | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (11/35); total (11/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
CAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCACGCTGTATCTGTTTG > NC_000913/1604163‑1604425 | cAGTGACTTTGTCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGa < 2:671594/140‑1 (MQ=255) gTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTTTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCCTTGCATTGGGGGGACTGTTTTTAAATGGGGGGCCgccg > 2:171512/1‑137 (MQ=255) gACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGcc < 1:1040849/140‑1 (MQ=255) ccTGCATTGGCATTGTCGCCCTGCCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCg < 1:1052427/139‑1 (MQ=255) cTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGa < 1:395810/140‑1 (MQ=255) cTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGa < 2:1094651/140‑1 (MQ=255) cTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGa < 2:19825/140‑1 (MQ=255) cTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGa < 2:728531/140‑1 (MQ=255) tCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTa < 1:250836/140‑1 (MQ=255) gCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACt < 2:543796/140‑1 (MQ=255) ccTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGc < 1:30565/140‑1 (MQ=255) cTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCt < 1:913382/140‑1 (MQ=255) cTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGgcgc < 1:171512/140‑1 (MQ=255) cTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGgcgc < 2:258696/140‑1 (MQ=255) tAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCa < 1:311791/140‑1 (MQ=255) tAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCa < 1:606255/140‑1 (MQ=255) tAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCa < 1:551848/140‑1 (MQ=255) aCGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCAtt < 1:551100/140‑1 (MQ=255) aTGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATtgtg < 2:1131570/140‑1 (MQ=255) tGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTTGGTTCGCCCATCGGCCCCTGCGCCATTGCATTGGGGGGTCTGTTTCAAAGTGGCGGGCCCCTGCCGCCGGGGGTAGCCCCGACCCTACTCCTCGGCGCAAtgggg > 2:1209144/1‑137 (MQ=255) ggTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTTTGTTCGACCATCGGCCCCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTTTAAAAGGCGGGCCGATGCCGCCTGCGGTAATCCCGACCCTACTTCTCGGGGCATtttggg > 2:797376/1‑138 (MQ=255) tGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCggg < 1:364567/140‑1 (MQ=255) ggCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGc < 1:377829/140‑1 (MQ=255) ggATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGa < 2:1303023/140‑1 (MQ=255) atTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTTCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTAt < 1:1075640/140‑1 (MQ=255) atTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTAt < 2:541824/140‑1 (MQ=255) atTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTAt < 1:1420429/140‑1 (MQ=255) cGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCtat > 1:1011785/1‑140 (MQ=255) cGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCtat > 1:194865/1‑140 (MQ=255) tttGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATAc < 1:990976/140‑1 (MQ=255) ccATCGGCCTCTGTGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATCCTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAAc < 1:808846/140‑1 (MQ=255) tCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCg > 1:600602/1‑140 (MQ=255) cGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGc > 2:859640/1‑140 (MQ=255) cGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGc < 1:423417/140‑1 (MQ=255) ggCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCt < 1:490130/140‑1 (MQ=255) ggCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCt < 2:194865/140‑1 (MQ=255) tGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGAt > 2:136098/1‑140 (MQ=255) tGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGAt > 2:213540/1‑140 (MQ=255) cattgGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGc < 1:1209144/140‑1 (MQ=255) attgGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCa < 1:396357/140‑1 (MQ=255) attgGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCa < 1:55399/140‑1 (MQ=255) attgGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCa < 1:797376/140‑1 (MQ=255) attgGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCa < 2:760575/140‑1 (MQ=255) ttgGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCAc < 1:367414/140‑1 (MQ=255) tgGGCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATTCCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGACACg < 1:163485/140‑1 (MQ=255) ggCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCACGCt > 1:757906/1‑140 (MQ=255) ggCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCACGCt > 2:766178/1‑140 (MQ=255) ggCGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCACGCt > 1:147261/1‑140 (MQ=255) cGTACTGTTTCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCACGCTGt > 2:247093/1‑140 (MQ=255) tCAAAGTGGCGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACACTTGGCACGCTGTATCTGTTTg > 1:955200/1‑140 (MQ=255) | CAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCACGCTGTATCTGTTTG > NC_000913/1604163‑1604425 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |