| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,931,183 | (G)7→6 | intergenic (‑90/‑133) | ravA ← / → kup | regulatory ATPase RavA/K(+):H(+) symporter Kup |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,931,177 | 0 | G | . | 99.3% | 622.6 / ‑2.3 | 140 | intergenic (‑84/‑139) | ravA/kup | regulatory ATPase RavA/K(+):H(+) symporter Kup |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base . (64/75); total (64/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGGGGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGACTAG > NC_000913/3931040‑3931312 | aaCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAgggg > 2:813315/1‑140 (MQ=255) tGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑GGGGGGTAttt > 1:856546/1‑140 (MQ=255) cTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑GGGGGGTAttttt > 1:505572/1‑140 (MQ=255) cTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑GGGGGGTAttttt > 2:904925/1‑140 (MQ=255) cTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑GGGGGGTAttttt > 1:391371/1‑140 (MQ=255) aGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑GGGGGGTATTTTTCtt < 2:7019/140‑1 (MQ=255) aGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑GGGGGGTATTTTTCtt < 2:184371/140‑1 (MQ=255) ggCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑GGGGGGTATTTTTCttt > 1:365532/1‑140 (MQ=255) gCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑GGGGGGTATTTTTCTTTg > 1:1559064/1‑140 (MQ=255) gCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGGATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑GGGGGGTATTTTTCTTTg > 2:1260598/1‑140 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tcAAA‑GGGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGACTAg < 2:1414838/140‑1 (MQ=255) | CAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGGGGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGACTAG > NC_000913/3931040‑3931312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |