Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,970,032 | (G)6→7 | coding (1002/1047 nt) | wzzE → | enterobacterial common antigen polysaccharide co‑polymerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,970,026 | 1 | . | G | 89.0% | 244.6 / 22.1 | 73 | coding (996/1047 nt) | wzzE | enterobacterial common antigen polysaccharide co‑polymerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/8); new base G (49/16); total (49/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
GGCCATGTTAAACACCCTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑C‑‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTACTGACTGTATTTGGTA > NC_000913/3969888‑3970157 | ggCCATGTTAAACACCCTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑C‑‑g > 2:334715/1‑140 (MQ=255) tGTTAAACACCCTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑C‑‑gggggg > 1:1126011/1‑140 (MQ=255) tGTTAAACACCCTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑C‑‑gggggg > 2:1039756/1‑140 (MQ=255) gTTAAACCCCCTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑C‑‑ggggggg < 2:1536567/140‑2 (MQ=255) gTTAAACACCCTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑C‑‑ggggggg < 2:1335142/140‑2 (MQ=255) ttAAACACCCTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑C‑‑gggggggc < 2:197063/140‑3 (MQ=255) acccccTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGAt < 2:1512397/137‑1 (MQ=255) acacCCTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTAAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGAt < 1:698196/140‑1 (MQ=255) ccTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCggg > 2:915715/1‑140 (MQ=255) ccTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCggg > 2:1211752/1‑140 (MQ=255) ccTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTACTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCggg > 1:631363/1‑140 (MQ=255) cTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCgggg > 1:16175/1‑140 (MQ=255) tGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGc > 1:102688/1‑140 (MQ=255) tGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGc > 1:13967/1‑140 (MQ=255) aaTGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTg > 2:810647/1‑140 (MQ=255) tGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTTCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGgt < 2:915630/140‑1 (MQ=255) gTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGgtg < 1:14603/140‑1 (MQ=255) ggTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCg > 1:1268403/1‑140 (MQ=255) ggTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCg > 1:432944/1‑140 (MQ=255) gATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACccgcc > 1:1539299/1‑140 (MQ=255) cgcgTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGttt > 2:1539704/1‑139 (MQ=255) cgcgTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTg > 1:875938/1‑140 (MQ=255) gcgTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGc > 2:21369/1‑140 (MQ=255) gcgTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGc > 1:820979/1‑140 (MQ=255) gcgTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGc > 2:930121/1‑140 (MQ=255) cgTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCt > 2:449040/1‑140 (MQ=255) cgTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCt > 1:1441268/1‑140 (MQ=255) cgTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCt > 2:1239635/1‑140 (MQ=255) cgTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCt > 2:1237219/1‑140 (MQ=255) tttttCAGCCCTATCGCTTTTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAACCGCGATAGCCCCCGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTc < 2:13967/139‑1 (MQ=255) tttCAGCCCTACCGCTTTTTGCGTCCGCCGGAAGACCCGGTAAAACGCGATGGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GTGG‑‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGa < 2:1273086/140‑1 (MQ=255) tttCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCGCGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGa < 2:1438673/140‑1 (MQ=255) cTATCGCTATTTGCGTACGCGGGAAGACCCGGTAAACCGCGATAGCCCCCGTCGTGCCTTCCTGATGATTTTGGGGGGCATT‑GTGG‑‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCaa < 2:16175/140‑1 (MQ=255) cTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCaa > 1:1006226/1‑140 (MQ=255) tATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAac > 1:1153003/1‑140 (MQ=255) aTCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAATTAGCAaca > 2:412085/1‑140 (MQ=255) aTCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAaca > 2:1424820/1‑140 (MQ=255) aTCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAaca > 1:1356391/1‑140 (MQ=255) aTCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAaca > 1:790227/1‑140 (MQ=255) aTCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAaca > 1:172355/1‑140 (MQ=255) tCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAacac > 1:19447/1‑140 (MQ=255) ttGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCg > 1:1074362/1‑140 (MQ=255) gcgtcggCCGGAAGACCCGGAAAAGCGCGAGGGCCCCCGTGGTGCCTTCTTGATGATGGAGGGGGGCTTT‑GT‑CG‑GGGGGGTTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGt < 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aagaaCCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAgg > 2:1479962/1‑140 (MQ=255) cccGGAAAAACGCGATAGCCAACGTCGTGCCTTCCTGATGTTTTTGGGGGGTTTT‑GG‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCGGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCt < 2:631363/139‑1 (MQ=255) aCCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GTGG‑‑GGGGGGTTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTACCCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCt < 2:1222889/140‑1 (MQ=255) ccGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTc > 1:1571958/1‑140 (MQ=255) ccGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTc > 1:1199938/1‑140 (MQ=255) aaaacCGCGATGGCCCGGGTGGGGCTTTCCTGATGATTATGGGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTACCCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTcgccg < 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1:915715/140‑1 (MQ=255) cTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTa < 1:930121/140‑1 (MQ=255) cTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTa > 2:109913/1‑140 (MQ=255) gatgatTAGGTGGGGCTTTGGG‑G‑‑GGGGGGCTGAGGGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTact < 2:1006226/140‑1 (MQ=255) atgttTATGTGGGGCTTG‑GT‑CG‑GGGGGGCTGAGCGGGGCTGGTGTCGCATTACCCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTactg < 2:1153003/140‑1 (MQ=255) tgatTATGTGGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTactga < 1:449040/140‑1 (MQ=255) 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1:56659/1‑140 (MQ=255) tgtgGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTACTGACTGTAt > 2:620394/1‑140 (MQ=255) tgtgGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTACTGACTGTAt > 1:680645/1‑140 (MQ=255) tgtgGGGCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTACTGACTGTAt > 2:1527737/1‑140 (MQ=255) ggggCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTACTGACTGTATTTg > 2:226424/1‑140 (MQ=255) gCATT‑GT‑CGGGGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTACTGACTGTATTTGGt > 2:1193855/1‑140 (MQ=255) gCATT‑GT‑CG‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTACTGACTGTATTTGGTa > 2:738519/1‑140 (MQ=255) | GGCCATGTTAAACACCCTGAATGTTGGTCCAACCCTGGATCCGCGTTTTCAGACCTATCGCTATTTGCGTACGCCGGAAGAACCGGTAAAACGCGATAGCCCACGTCGTGCCTTCCTGATGATTATGTGGGGCATT‑GT‑C‑‑GGGGGGCTGATCGGGGCTGGTGTCGCATTAACCCGCCGTTGCTCGAAATAGCAACACTGCTGCGGTGAGCGCAAAGGCGCTCGCCGCTTATTCGAAGAGAATCGATGTGAAAGTACTGACTGTATTTGGTA > NC_000913/3969888‑3970157 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |