| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 344,068 | T→C | intergenic (+135/‑108) | yahK → / → yahL | aldehyde reductase, NADPH‑dependent/uncharacterized protein YahL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 344,068 | 0 | T | C | 98.3% | 221.1 / ‑5.7 | 61 | intergenic (+135/‑108) | yahK/yahL | aldehyde reductase, NADPH‑dependent/uncharacterized protein YahL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (34/25); total (36/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAAAAATTAATAAATACCCTGTGGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCTCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGATATCATTAAAAGCTCCGCACAATA > NC_000913/343932‑344203 | gAAAAAATTAATAAATTCCCTGTGGGTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCa < 2:1362574/140‑1 (MQ=255) aaaaaaTTAATAAATACCCTGTGGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAg > 2:114411/1‑140 (MQ=255) aaaaaaTTAATAAATACCCTGTGGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAg > 1:1193186/1‑140 (MQ=255) aaaaaaTTAATAAATACCCTGTGGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAg > 2:805749/1‑140 (MQ=255) aaataCCCTGTGGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACt < 1:779577/140‑1 (MQ=255) taCCCTGTGGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTca < 2:1581863/140‑1 (MQ=255) cccTGTGGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTcaca < 2:596334/140‑1 (MQ=255) cccTGTGGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTcaca < 2:590957/140‑1 (MQ=255) cccTGTGGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTcaca < 2:575110/140‑1 (MQ=255) tgtgGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACgt > 1:97030/1‑140 (MQ=255) gtgGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACgtt > 1:1002752/1‑140 (MQ=255) tttAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACgttagtt > 1:626293/1‑140 (MQ=255) tttAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACgttagtt > 2:1008079/1‑140 (MQ=255) ttAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACgttagtta > 2:931343/1‑140 (MQ=255) tAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTAt > 1:645079/1‑140 (MQ=255) aaCATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATg > 2:930685/1‑140 (MQ=255) tatTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCg < 2:1193186/140‑1 (MQ=255) ttAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGAt > 2:453546/1‑140 (MQ=255) tAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGAtt > 2:1176000/1‑140 (MQ=255) ttCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTg < 1:931343/140‑1 (MQ=255) tCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGa > 1:474651/1‑140 (MQ=255) gCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATa > 2:206110/1‑140 (MQ=255) ctctCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAg > 2:700199/1‑140 (MQ=255) ctctCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCACCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAg > 2:1216969/1‑140 (MQ=255) tcCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGc < 2:328319/140‑1 (MQ=255) tcCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGc < 1:965585/140‑1 (MQ=255) tcCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGc < 1:114411/140‑1 (MQ=255) cccACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGc < 2:1191956/139‑1 (MQ=255) cACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCt > 1:672093/1‑140 (MQ=255) cACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCt > 1:515132/1‑140 (MQ=255) tttttAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAAt > 1:676905/1‑140 (MQ=255) tttAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCa > 1:945681/1‑140 (MQ=255) tttAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCa < 1:1523802/140‑1 (MQ=255) tttAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCa > 1:21372/1‑140 (MQ=255) cGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTg > 1:1097453/1‑140 (MQ=255) cGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTg > 2:214356/1‑140 (MQ=255) tCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGtttat > 2:857068/1‑140 (MQ=255) aaaGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGtttattt < 1:1243617/140‑1 (MQ=255) aaaGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGtttattt < 1:461094/140‑1 (MQ=255) tAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGtttatttttat < 1:1176000/140‑1 (MQ=255) tAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGtttatttttat < 1:1427117/140‑1 (MQ=255) aGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTaa > 1:573174/1‑140 (MQ=255) tAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAaga > 1:479289/1‑140 (MQ=255) aaaCCTATAACGTAATTTTAAATTGTTAAATTAACGCCCTCCAGTACACAATACTTCACACGATAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAagaga > 2:1431340/1‑140 (MQ=255) tataACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATcg < 2:1127176/140‑1 (MQ=255) aaCGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCga > 1:23959/1‑140 (MQ=255) cGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCgatg < 2:1097453/140‑1 (MQ=255) cGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCgatg < 1:206110/140‑1 (MQ=255) cGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCgatg < 1:1543724/140‑1 (MQ=255) aaatttaaattGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGata < 2:474651/140‑1 (MQ=255) aaatttaaattGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGata > 1:1420231/1‑140 (MQ=255) aaatttaaattGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGata < 2:674729/140‑1 (MQ=255) aaatttaaattGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGata > 1:490472/1‑140 (MQ=255) atttaaattGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGATATc > 2:411968/1‑140 (MQ=255) atttaaattGTTAAATTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGATATc > 2:1071020/1‑140 (MQ=255) aaaTTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGATATCATTAAAAGCTcc < 2:97030/140‑1 (MQ=255) aaTTAACGCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGATATCATTAAAAGCTCCg < 2:645079/140‑1 (MQ=255) gCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGATATCATTAAAAGCTCCGCACaata > 1:1449533/1‑140 (MQ=255) gCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGATATCATTAAAAGCTCCGCACaata > 1:1491528/1‑140 (MQ=255) gCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGATATCATTAAAAGCTCCGCACaata > 2:874287/1‑140 (MQ=255) gCCCCCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGATATCATTAAAAGCTCCGCACaata > 1:855384/1‑140 (MQ=255) | GAAAAAATTAATAAATACCCTGTGGTTTAACATATTAACTTCGCTCTCCACTTAACTTTTTAGTTAAGGAGAGCGAAATAATATCAAAGTAGCAGTAAAACCTATAACGTAAATTTAAATTGTTAAATTAACGCCCTCCAGTACACAATACTTCACACGTTAGTTATGAGCGATTTCTGATAGTGCCTGGTTTAATCAGAGCTTTATTATCTGCGACGTTTATTTTTATTTAAGAGAGATCGCGATGATATCATTAAAAGCTCCGCACAATA > NC_000913/343932‑344203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |