Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 877,281 | G→A | A252V (GCA→GTA) | rimO ← | ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 877,281 | 0 | G | A | 98.4% | 199.0 / NA | 61 | A252V (GCA→GTA) | rimO | ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (23/37); minor base C (0/1); total (23/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGGGCAGATTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTGCCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTTGTGGA > NC_000913/877147‑877410 | ccGGGCAGATTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATc < 2:665607/140‑1 (MQ=255) gtgCAGATTTCGCACCACTGTTTGATGCGCGTCAGTTGGAGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAg < 2:173358/138‑1 (MQ=255) gggCAGATTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAg > 1:864259/1‑140 (MQ=255) aTTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGAt > 2:308175/1‑140 (MQ=255) cACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACgtcgtc < 1:779441/140‑1 (MQ=255) ccTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTcc < 1:1032544/139‑1 (MQ=255) cTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCca < 2:912207/140‑1 (MQ=255) tttGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACAt < 1:408806/140‑1 (MQ=255) ttGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATg < 1:1001298/140‑1 (MQ=255) gcgcgcCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGAt < 2:516814/140‑1 (MQ=255) cgcgcCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATa < 2:188499/140‑1 (MQ=255) cgcgcCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATa > 1:819033/1‑140 (MQ=255) cgcgcCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATa < 2:657423/140‑1 (MQ=255) gcgcCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATaa > 1:66418/1‑140 (MQ=255) gcgcCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATaa > 1:616694/1‑140 (MQ=255) cAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGt < 1:828718/140‑1 (MQ=255) cAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGt < 1:405980/140‑1 (MQ=255) cAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGt < 2:755674/140‑1 (MQ=255) ttGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATTCGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTaaa < 2:705863/140‑1 (MQ=255) ggCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACg < 2:837129/140‑1 (MQ=255) tCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTg < 2:111648/140‑1 (MQ=255) aCAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTCCCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAg < 2:958840/140‑1 (MQ=255) aCAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAg < 1:611446/140‑1 (MQ=255) aGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGAc < 2:545387/140‑1 (MQ=255) gAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACg > 2:22308/1‑140 (MQ=255) aCCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACgtg < 2:2292/140‑1 (MQ=255) cccGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACgtgt > 2:587198/1‑140 (MQ=255) cccGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACgtgt > 2:141831/1‑140 (MQ=255) cccGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACgtgt > 2:69251/1‑140 (MQ=255) cccGGACGCTACATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACgggg > 2:863343/1‑137 (MQ=255) ggACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCa > 1:305377/1‑140 (MQ=255) tcaGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGt < 2:66143/140‑1 (MQ=255) tGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGAt > 2:197119/1‑140 (MQ=255) gagaATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATa < 2:917901/140‑1 (MQ=255) gagaATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATa < 2:647224/140‑1 (MQ=255) agaATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATaa < 2:66418/140‑1 (MQ=255) aaTGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACt > 2:25700/1‑140 (MQ=255) cgcgGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACTTTCGGAAAAGGGTAAACGTAGGGCAGACGGGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTc > 2:19601/1‑140 (MQ=255) cgcgGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTc > 2:479010/1‑140 (MQ=255) gggCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGca < 1:360764/140‑1 (MQ=255) gggCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGca < 1:739899/140‑1 (MQ=255) gggCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGca < 1:583481/140‑1 (MQ=255) gggCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGca < 2:305377/140‑1 (MQ=255) tGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAgg < 1:308175/140‑1 (MQ=255) cGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTg > 1:832636/1‑140 (MQ=255) cGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTg > 1:27236/1‑140 (MQ=255) tgcAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCAt > 1:1012904/1‑140 (MQ=255) gcAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATg < 1:304737/140‑1 (MQ=255) cAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGc < 1:3285/140‑1 (MQ=255) aaTGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGttt > 1:700717/1‑140 (MQ=255) tCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTAc > 1:33271/1‑140 (MQ=255) tCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTAc > 1:339629/1‑140 (MQ=255) aTACGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCt < 1:479010/140‑1 (MQ=255) aCGGCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCg < 2:616694/140‑1 (MQ=255) ggCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGcc > 1:1028715/1‑140 (MQ=255) gCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCg < 2:295777/140‑1 (MQ=255) gCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCg < 1:22308/140‑1 (MQ=255) gCAGGATTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCg > 1:193658/1‑140 (MQ=255) aTTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTtgtg < 1:197119/140‑1 (MQ=255) aTTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTtgtg > 1:388326/1‑140 (MQ=255) aTTTTGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTtgtg < 2:90374/140‑1 (MQ=255) tttGCCTTCTACCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTTGTGGa < 1:961477/140‑1 (MQ=255) | CCGGGCAGATTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTGCCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTTGTGGA > NC_000913/877147‑877410 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |