| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,605,262 | C→T | A151V (GCG→GTG) | hyfD → | hydrogenase 4 component D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,605,262 | 0 | C | T | 95.5% | 207.4 / NA | 67 | A151V (GCG→GTG) | hyfD | hydrogenase 4 component D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (24/40); minor base G (3/0); total (27/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGCGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCTTGCCGCCGCCACGCTGTTTTTGCAGACCGGAACGTTTGC > NC_000913/2605129‑2605391 | cacCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGAt < 2:898605/140‑1 (MQ=255)cacCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGAt < 2:33989/140‑1 (MQ=255)cacCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGAt < 2:352079/140‑1 (MQ=255)cacCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGAt < 2:1441283/140‑1 (MQ=255)cacCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGAt < 2:1080842/140‑1 (MQ=255)cacCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGAt < 2:1020451/140‑1 (MQ=255)cacCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGAt < 1:685725/140‑1 (MQ=255)cacCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGAt < 1:482169/140‑1 (MQ=255)cacCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGAt < 2:510918/140‑1 (MQ=255)cacCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGAt < 1:1226826/140‑1 (MQ=255) ggCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCa < 2:195719/140‑1 (MQ=255) gCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCag > 2:490476/1‑140 (MQ=255) gCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGATTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGGGTTGATCAGTTATTACCag > 1:187113/1‑140 (MQ=255) aCGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCagag < 2:79159/140‑1 (MQ=255) aCGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCagag < 1:930556/140‑1 (MQ=255) cGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGc > 1:1175903/1‑140 (MQ=255) cGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGc > 1:532267/1‑140 (MQ=255) aTCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGGGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGAt > 2:816667/1‑140 (MQ=255) aTCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGAATGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGGTATTACCAGAGCGAt > 1:1513293/1‑140 (MQ=255) gTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATaaa < 2:160076/140‑1 (MQ=255) gTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATaaa < 2:176809/140‑1 (MQ=255) cATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGt < 2:1382449/140‑1 (MQ=255) cATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGt > 2:442505/1‑140 (MQ=255) aTTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGtt > 1:1433900/1‑140 (MQ=255) aTTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCCCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGtt > 1:144080/1‑140 (MQ=255) tttttACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTc < 2:245666/140‑1 (MQ=255) tttttACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTc < 2:1175903/140‑1 (MQ=255) gtgtTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTaaa > 1:378833/1‑140 (MQ=255) gtTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGCCGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGGTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCCGCGGTCAGCACTAAAAg > 2:1480333/1‑140 (MQ=255) gtTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAg < 2:532267/140‑1 (MQ=255) tttATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGc > 2:32033/1‑140 (MQ=255) ttATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAACGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCg < 2:1514548/140‑1 (MQ=255) tATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGGGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGt > 2:1481228/1‑140 (MQ=255) aTCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGtt < 1:1294228/140‑1 (MQ=255) aTCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGtt < 2:271473/140‑1 (MQ=255) ggCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACt < 2:467380/140‑1 (MQ=255) gcgcGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACtt < 1:1462724/140‑1 (MQ=255) gcgcGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACtt < 1:1188184/140‑1 (MQ=255) cgcgATGGCGGGACTGGTACTCTCCTTGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTa > 2:1270037/1‑140 (MQ=255) cgcgATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTa < 1:1254083/140‑1 (MQ=255) cgcgATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTa < 2:137637/140‑1 (MQ=255) cgcgATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTa > 1:674737/1‑140 (MQ=255) cgcgATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTa > 1:503103/1‑140 (MQ=255) cgcgATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTa < 1:1299272/140‑1 (MQ=255) gcgATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTAt < 1:950058/140‑1 (MQ=255) cgATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATc < 1:1270037/140‑1 (MQ=255) aCTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGt < 2:1087675/140‑1 (MQ=255) ctctCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTTATCAGTTATTACCAGAACGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGtt < 2:681718/140‑1 (MQ=255) ctcctcGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTgg > 2:1221166/1‑140 (MQ=255) cctcGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTgggg < 2:1093903/140‑1 (MQ=255) cctcGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTAGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTgggg < 2:1104422/140‑1 (MQ=255) ctcGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTggggg > 1:886638/1‑139 (MQ=255) cGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTg < 1:252305/140‑1 (MQ=255) tgctCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCtt > 2:923758/1‑140 (MQ=255) tgctCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGGTGTATCtt > 2:643435/1‑140 (MQ=255) tgctCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTAGGGGATGTATCtt > 2:1488396/1‑140 (MQ=255) gttgttgttTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGGTTGGGGTGTATCTTgccgccgccc > 2:888139/1‑139 (MQ=255) tgttgttTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCTTGCCGCCGCCACg > 1:1412152/1‑140 (MQ=255) gttgttTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCTTGCCGCCGCCACGc < 1:389662/140‑1 (MQ=255) ttttttGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGGTGGGGTTGCATTTTTCCGCCGCCCCGccggt > 2:422016/1‑136 (MQ=255) ttttGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGGTGTATCTTGCCGCCGCCACGCTGtttt > 1:383985/1‑140 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(MQ=255) tgctCCTGGGTGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCTTGCCGCCGCCACGCTGTTTTTGCAGACCGGAACGTTTgc < 1:1480333/140‑1 (MQ=255) | CACCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGCGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCTTGCCGCCGCCACGCTGTTTTTGCAGACCGGAACGTTTGC > NC_000913/2605129‑2605391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |