| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,103,165 | A→G | Q115R (CAG→CGG) | yiiM → | 2‑amino‑6‑N‑hydroxylaminopurine resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,103,165 | 0 | A | G | 99.1% | 403.6 / NA | 109 | Q115R (CAG→CGG) | yiiM | 2‑amino‑6‑N‑hydroxylaminopurine resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (44/64); total (45/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GGGAATTTCCGGAACAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCAGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGCGGACGCGCC > NC_000913/4103030‑4103297 | gggAATTTCCGGAACAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAgccggccg > 1:129001/1‑140 (MQ=255) aTTTCCGGAACAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCt < 2:669045/140‑1 (MQ=255) ttCCGGAACAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCg < 2:1443322/140‑1 (MQ=255) ccGGAACAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGcc < 2:944284/140‑1 (MQ=255) ccGGAACAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGcc < 2:84634/140‑1 (MQ=255) ccGGAACAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGcc < 2:1224388/140‑1 (MQ=255) cGGAACAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCt < 2:751925/140‑1 (MQ=255) ggAACAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCtt < 2:718167/140‑1 (MQ=255) ggAACAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCtt < 2:418994/140‑1 (MQ=255) aaCAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGc > 2:1216263/1‑140 (MQ=255) aaCAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGc > 2:1033934/1‑140 (MQ=255) gCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATaa > 1:241126/1‑140 (MQ=255) gCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATaa < 2:749755/140‑1 (MQ=255) gCGGAGTTGATTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATaa > 2:366963/1‑140 (MQ=255) gttgttTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCa > 2:1227366/1‑140 (MQ=255) gtttgttGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAAtt > 1:871417/1‑140 (MQ=255) tttgttGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTa > 2:632991/1‑140 (MQ=255) tttgttGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCACCTTGCTATAAACTCAATTa < 1:1149199/140‑1 (MQ=255) ttgttgCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTAc < 2:270141/140‑1 (MQ=255) tgttgCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTAcc < 1:259346/140‑1 (MQ=255) tgCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCAtt > 2:811585/1‑140 (MQ=255) tgCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCAtt 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cTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGat > 1:1012393/1‑140 (MQ=255) cGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTTATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATc > 1:1164066/1‑140 (MQ=255) tttGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAg < 2:1262300/140‑1 (MQ=255) tttGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAg < 1:1063601/140‑1 (MQ=255) tttGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAg < 1:1146287/140‑1 (MQ=255) ggTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGa > 2:516035/1‑140 (MQ=255) ggAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGata < 2:871417/139‑1 (MQ=255) ctcAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGt > 1:266879/1‑140 (MQ=255) ccGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATg < 2:129592/140‑1 (MQ=255) gACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCa < 2:1398179/140‑1 (MQ=255) aCGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCaa < 2:1288959/140‑1 (MQ=255) aCGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCaa < 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(MQ=255) tAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAggtgg < 2:1493057/140‑1 (MQ=255) tAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAggtgg < 2:247960/140‑1 (MQ=255) tAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAggtgg < 1:402224/140‑1 (MQ=255) tAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAggtgg < 1:451188/140‑1 (MQ=255) tAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAggtgg < 2:622298/140‑1 (MQ=255) tAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGACCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAggtgg < 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2:367574/1‑140 (MQ=255) gCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGc > 2:79429/1‑140 (MQ=255) gCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGc < 2:672580/140‑1 (MQ=255) gCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGc > 2:1398741/1‑140 (MQ=255) cGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCg > 1:666213/1‑140 (MQ=255) cGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCg > 1:394988/1‑140 (MQ=255) atTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTTATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGAt < 2:1164066/140‑1 (MQ=255) tCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAgcg > 2:361503/1‑140 (MQ=255) ccGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAgcgc < 2:266879/140‑1 (MQ=255) gggAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGAt > 2:842652/1‑129 (MQ=255) gagaGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGaaa < 2:241126/140‑1 (MQ=255) gagaGGCATTAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGaaa < 1:54942/140‑1 (MQ=255) ttAATTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGc > 1:1164518/1‑140 (MQ=255) aTTCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGCGGa < 2:1329581/140‑1 (MQ=255) tCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGCGGAcg < 2:1012393/140‑1 (MQ=255) tCAGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGCGGAcg > 2:308277/1‑140 (MQ=255) aGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGCGGAcgcg > 1:1250507/1‑140 (MQ=255) aGGTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGCGGAcgcg > 2:1251624/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ggTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGT‑AGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGCGGACGcgcc > 2:265269/1‑140 (MQ=255) gTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGCGGACGcgcc > 1:288753/1‑140 (MQ=255) gTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGCGGACGcgcc > 1:203101/1‑140 (MQ=255) gTCAGCCGGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGCGGACGcgcc > 1:19620/1‑140 (MQ=255) | GGGAATTTCCGGAACAGGCGGAGTTGTTTGTTGCGCCTGCGTTTGGTGAAAACCTCTCAACCGACGGCCTGACGGAAAGTAATGTTTATATGGGCGATATTTTCCGCTGGGGAGAGGCATTAATTCAGGTCAGCCAGCCGCGCTCGCCTTGCTATAAACTCAATTACCATTTTGATATCAGCGATATAGCGCAGTTGATGCAAAACACAGGTAAGGTGGGGTGGTTGTATAGCGTGATAGCGCCAGGGAAAGTGTCTGCGGACGCGCC > NC_000913/4103030‑4103297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |