| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 868,422 | (C)8→7 | coding (903/1872 nt) | gsiA → | glutathione ABC transporter ATP binding subunit GsiA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 868,415 | 0 | C | . | 98.3% | 248.8 / ‑2.4 | 59 | coding (896/1872 nt) | gsiA | glutathione ABC transporter ATP binding subunit GsiA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (22/36); total (23/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGT > NC_000913/868277‑868547 | tCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGcc > 1:914948/1‑140 (MQ=255) tGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGGGCAGaa < 1:705295/140‑1 (MQ=255) tGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGaa < 1:648817/140‑1 (MQ=255) cACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGaaaa < 2:191620/140‑1 (MQ=255) cACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGaaaa > 2:42435/1‑140 (MQ=255) cACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGaaaa < 2:585738/140‑1 (MQ=255) cAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACggtg > 2:891922/1‑140 (MQ=255) cAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACA‑GCCCCCCCCATCGAGCAGAAAACggtg > 1:222427/1‑140 (MQ=255) acacCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCg > 2:953066/1‑140 (MQ=255) acacCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCg > 2:192290/1‑140 (MQ=255) acCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGaa < 1:891922/140‑1 (MQ=255) acCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGaa < 1:585073/140‑1 (MQ=255) ccGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAAcc < 2:242058/140‑1 (MQ=255) ccGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAAcc < 2:222427/140‑1 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTg > 1:387565/1‑140 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTg > 1:348677/1‑140 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTg > 2:1015530/1‑140 (MQ=255) tGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGt > 1:622848/1‑140 (MQ=255) cgcTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGttt > 2:726159/1‑140 (MQ=255) cgcTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGttt > 2:884233/1‑140 (MQ=255) gTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGATCATCCAGTGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACg < 2:726219/140‑1 (MQ=255) ctgTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTa < 2:717442/140‑1 (MQ=255) gTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAAt < 1:726159/140‑1 (MQ=255) ttCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGa > 2:782259/1‑130 (MQ=255) ttCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGa < 1:782259/130‑1 (MQ=255) cGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTaa < 2:1056722/135‑1 (MQ=255) cGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTaa > 1:1056722/1‑135 (MQ=255) cAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTACGTAATCTTGTc < 1:884233/140‑1 (MQ=255) aCTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCAc < 1:953066/140‑1 (MQ=255) aCTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCAc < 1:192290/140‑1 (MQ=255) ttGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCAccc < 1:176099/140‑1 (MQ=255) aTGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCt < 2:622848/140‑1 (MQ=255) aTGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCt < 2:539559/140‑1 (MQ=255) tGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCtt > 2:521741/1‑140 (MQ=255) tGAAAGGGTGAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCtt > 1:836158/1‑140 (MQ=255) gTTAGATTAACCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAg < 2:235288/140‑1 (MQ=255) tAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCg < 1:7553/140‑1 (MQ=255) tCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCa > 2:710610/1‑130 (MQ=255) tCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCa < 1:710610/130‑1 (MQ=255) tCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTttgtt > 1:511772/1‑140 (MQ=255) tCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTttgtt > 2:822588/1‑140 (MQ=255) ccccGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTttgttg > 2:542781/1‑140 (MQ=255) tttCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGt < 2:861671/140‑1 (MQ=255) tttCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGt < 1:206705/140‑1 (MQ=255) ttCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTa > 1:395295/1‑140 (MQ=255) tCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTaa < 1:822588/140‑1 (MQ=255) ccGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAAcg < 1:42435/140‑1 (MQ=255) tGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCggg > 2:464628/1‑140 (MQ=255) tGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCggg < 2:912979/140‑1 (MQ=255) tGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCggg < 1:521741/140‑1 (MQ=255) atCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGt > 1:526768/1‑140 (MQ=255) gCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCa < 2:526768/140‑1 (MQ=255) gCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCa < 2:511772/140‑1 (MQ=255) gCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCa < 1:1015530/140‑1 (MQ=255) gCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCa < 2:914948/140‑1 (MQ=255) ccAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCa > 1:441661/1‑130 (MQ=255) ccAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCa < 2:441661/130‑1 (MQ=255) ccAGCGAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTgag < 2:387565/140‑1 (MQ=255) gAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGt < 1:464628/140‑1 (MQ=255) gAAACAGG‑CCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGt < 2:402591/140‑1 (MQ=255) | TCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGT > NC_000913/868277‑868547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |