Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 321,564 | (G)7→8 | intergenic (+483/‑44) | rclR → / → ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 321,557 | 1 | . | G | 94.4% | 185.9 / 3.2 | 54 | intergenic (+476/‑51) | rclR/ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base G (25/26); total (27/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAA > NC_000913/321418‑321691 | aGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGt < 1:326571/140‑1 (MQ=255) aGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGt > 2:48668/1‑140 (MQ=255) gATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑ggg < 2:324044/140‑1 (MQ=255) tGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑ggggg > 2:948901/1‑140 (MQ=255) tGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGACAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑ggggg > 1:783663/1‑140 (MQ=255) gCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g > 2:585141/1‑135 (MQ=255) gCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g < 1:585141/135‑1 (MQ=255) aaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACa > 1:262071/1‑138 (MQ=255) aaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACa < 2:262071/138‑1 (MQ=255) aGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATaaa < 2:406295/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATgg < 2:327801/140‑1 (MQ=255) tATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGa > 2:631074/1‑140 (MQ=255) aTCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGaa > 1:808750/1‑140 (MQ=255) tCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAtt < 1:331002/140‑1 (MQ=255) tACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCt > 2:273485/1‑140 (MQ=255) aaaTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGACAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTg < 2:783663/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGCAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCa < 1:496688/140‑1 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCttt > 1:718742/1‑135 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCttt < 2:718742/135‑1 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 1:631074/140‑1 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 1:898671/140‑1 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc > 2:356469/1‑140 (MQ=255) aGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAcc > 2:461467/1‑140 (MQ=255) gtggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTa < 1:709336/140‑1 (MQ=255) tggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTc > 1:246144/1‑132 (MQ=255) tggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTc < 2:246144/132‑1 (MQ=255) tggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTAt < 2:873203/140‑1 (MQ=255) aTGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTg > 2:204893/1‑140 (MQ=255) ttGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGAc > 2:315114/1‑140 (MQ=255) ttGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGAc > 1:341830/1‑140 (MQ=255) ttGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGAc > 1:708126/1‑140 (MQ=255) tGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACg > 2:215863/1‑140 (MQ=255) aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 2:94351/122‑1 (MQ=255) aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc > 1:94351/1‑122 (MQ=255) 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(MQ=255) aGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATg < 1:48668/140‑1 (MQ=255) aCGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCa > 2:424776/1‑140 (MQ=255) aCGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCa < 1:246024/140‑1 (MQ=255) atatTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACgaga < 2:708126/140‑1 (MQ=255) tgatgaTTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACg > 2:719420/1‑129 (MQ=255) tgatgaTTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACg < 1:719420/129‑1 (MQ=255) gatgatTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACg < 1:945080/128‑1 (MQ=255) gatgatTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACg > 2:945080/1‑128 (MQ=255) gatgatTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGAc < 1:886432/132‑1 (MQ=255) gatgatTGATCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGAc > 2:886432/1‑132 (MQ=255) gattgatCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTgctgct > 1:698791/1‑140 (MQ=255) attgatCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTa > 1:443575/1‑140 (MQ=255) attgatCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTa > 1:668663/1‑140 (MQ=255) atCCCCCGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTgg < 1:424776/140‑1 (MQ=255) ccGGTGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGaaaaa > 1:828099/1‑140 (MQ=255) | AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAA > NC_000913/321418‑321691 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |