| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,518 | (C)6→7 | intergenic (+360/‑251) | nth → / → dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,512 | 1 | . | C | 92.7% | 134.8 / 3.6 | 41 | intergenic (+354/‑257) | nth/dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base C (26/12); total (26/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
AGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CA‑CCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGA > NC_000913/1712373‑1712645 | aGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑Ca < 1:825720/140‑1 (MQ=255) aaTCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CA‑cc < 2:158883/140‑1 (MQ=255) aTCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTATACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CA‑ccc > 1:432644/1‑140 (MQ=255) aTCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CA‑ccc < 2:318652/140‑1 (MQ=255) 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2:584639/1‑140 (MQ=255) cacTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTgg > 1:530250/1‑140 (MQ=255) tGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATa > 2:295140/1‑140 (MQ=255) gCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAAc > 1:711084/1‑140 (MQ=255) gCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAAc > 1:501729/1‑140 (MQ=255) gCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATAGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAACTTTAACGCTGGATAAc > 2:192956/1‑140 (MQ=255) 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2:80875/1‑140 (MQ=255) tctcACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTcc > 1:289125/1‑140 (MQ=255) aCTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGc < 1:295140/140‑1 (MQ=255) cTATTAAAACCGCTAAATAACAGAACATATCGCCGTAAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAACCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACTTTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGcc < 2:530250/140‑1 (MQ=255) tAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCt < 2:480820/140‑1 (MQ=255) tAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCt < 1:584639/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGGATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTtata > 2:899779/1‑140 (MQ=255) gCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATg > 2:834611/1‑140 (MQ=255) aGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGatta < 1:646827/140‑1 (MQ=255) gAACATATCGCCGTTAAGCCA‑TCCC‑CCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTTGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGattat < 2:848436/140‑1 (MQ=255) cATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTAc > 1:465544/1‑140 (MQ=255) atatCGCCGTTAAGCCA‑TCCC‑CCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACa < 2:354334/140‑1 (MQ=255) atCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACaaa > 2:223787/1‑140 (MQ=255) atCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACaaa > 1:208844/1‑140 (MQ=255) atCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACaaa > 2:465327/1‑140 (MQ=255) tCGCCGTTAACCCA‑TCCC‑CCCCCCTCCCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCGGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAg < 2:832144/140‑1 (MQ=255) cGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAgg > 1:609846/1‑140 (MQ=255) cGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAgg > 1:832144/1‑140 (MQ=255) ccGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGAc < 1:687140/140‑1 (MQ=255) tAAGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGt > 1:584355/1‑140 (MQ=255) aaGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAgg > 2:652210/1‑133 (MQ=255) aaGCCA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAgg < 1:652210/133‑1 (MQ=255) ccA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGa < 1:497402/140‑1 (MQ=255) ccA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGa < 1:899779/140‑1 (MQ=255) ccA‑T‑CACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGa < 2:180393/140‑1 (MQ=255) | AGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CA‑CCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGA > NC_000913/1712373‑1712645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |