| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,822,111 | +G | coding (146/339 nt) | osmE ← | osmotically‑inducible lipoprotein OsmE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,822,110 | 1 | . | G | 98.1% | 615.9 / 1.3 | 161 | coding (147/339 nt) | osmE | osmotically‑inducible lipoprotein OsmE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base G (72/86); total (72/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGT‑G‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCC > NC_000913/1821973‑1822238 | ttGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTtgt‑gg > 2:444149/1‑139 (MQ=255)ttGATGAAATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGGAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTtgt‑gg > 2:1232618/1‑139 (MQ=255) tgatgaCATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTtgt‑ggc < 1:165083/140‑3 (MQ=255) tgaCATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTtgt‑ggcaac < 2:1364324/140‑6 (MQ=255) aTGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTgc > 2:701901/1‑140 (MQ=255) gTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTgcgc > 1:1576168/1‑140 (MQ=255) tCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGcc < 1:1820298/140‑1 (MQ=255) ggTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCgg < 2:1923762/140‑1 (MQ=255) tATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACAATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCt > 2:129410/1‑140 (MQ=255) atcatcTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTc > 1:1852639/1‑140 (MQ=255) tcTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGcc > 1:1604595/1‑130 (MQ=255) tcTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGcc < 2:1604595/130‑1 (MQ=255) tcTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGc > 2:1614433/1‑140 (MQ=255) tcTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGc > 1:995436/1‑140 (MQ=255) tAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCt < 2:1549540/140‑1 (MQ=255) aaCGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCtt > 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cgcgACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCtttt > 1:1752799/1‑140 (MQ=255) cgACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGCACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCtttttt > 2:1848657/1‑140 (MQ=255) aCAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGa < 2:935057/140‑1 (MQ=255) cAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTATCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGAc > 1:2306547/1‑140 (MQ=255) cAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGAc < 2:1190281/140‑1 (MQ=255) cAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGAc < 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ttCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTcacc > 1:419198/1‑140 (MQ=255) ttCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTcacc < 2:1504039/140‑1 (MQ=255) ttCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTcacc > 1:2198879/1‑140 (MQ=255) ttCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGT‑GACAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTcacc < 1:1176647/140‑1 (MQ=255) cTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTcaccac > 1:1912357/1‑140 (MQ=255) cTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTcaccac < 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1:646819/140‑1 (MQ=255) aTGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGc < 2:1752799/140‑1 (MQ=255) aTGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGc < 1:1225804/140‑1 (MQ=255) aTGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGc < 1:1353342/140‑1 (MQ=255) aTGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGc < 2:1550965/140‑1 (MQ=255) aTGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGc < 1:1878692/140‑1 (MQ=255) tGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCa > 1:1005071/1‑140 (MQ=255) cACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATAcc > 1:763774/1‑140 (MQ=255) aCTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGc < 1:29135/127‑1 (MQ=255) aCTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGc > 2:29135/1‑127 (MQ=255) cTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCa < 1:958338/124‑1 (MQ=255) ttCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGATGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATAccgcc > 1:2480212/1‑140 (MQ=255) ttCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATAccgcc > 2:1737046/1‑140 (MQ=255) tCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATAccgccg < 2:2539462/140‑1 (MQ=255) aCGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGc < 1:2420485/140‑1 (MQ=255) cGAAGTTTTCCCCGCAATTTGTGG‑CACCCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCCCCACAGGCTGTAAAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACACCCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCa < 2:923583/140‑1 (MQ=255) cGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCa < 1:1737046/140‑1 (MQ=255) ggTTTCCCCGCAATTTGTGG‑CACCCTGCCCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCCCCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCa < 2:2410707/140‑1 (MQ=255) ggTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCa > 1:1975549/1‑140 (MQ=255) ggTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCa > 1:66687/1‑140 (MQ=255) ggTTTACCCGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCa > 1:706863/1‑140 (MQ=255) cccGAATTTTGTGG‑CACCCGGCGCCCGGTTCTTGCCTTTTTTCACGTTTTCCCCCACGGGTTGAAAAAATTGTTTTTGGGTCAAATAATAACCCGTACACCCCGCCAGCTTGTTTAATCCCGCCGCTGCACTCAGAATTc < 2:1234493/140‑1 (MQ=255) ccGCAATTTGTGG‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTcc > 1:374919/1‑140 (MQ=255) | TTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGT‑G‑CAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCC > NC_000913/1821973‑1822238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |