Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 32.5% | 151.0 / 38.4 | 80 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/3); new base C (0/26); total (51/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-18 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCA > NC_000913/2001781‑2002055 | tGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAAcc > 1:1201351/1‑140 (MQ=255) aaTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAAcc‑cc > 1:462170/1‑140 (MQ=255) aaTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAAcc‑cc > 1:587139/1‑140 (MQ=255) aaTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAAcc‑cc > 1:1758815/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑ccg > 1:2061832/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑ccg > 2:2395021/1‑140 (MQ=255) tCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑ccgcc > 2:1087817/1‑140 (MQ=255) gCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGaa > 1:1469979/1‑140 (MQ=255) cccTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAg > 1:298979/1‑140 (MQ=255) tGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGGAc > 2:1888525/1‑140 (MQ=255) tGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc > 1:1778347/1‑140 (MQ=255) tGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc > 1:228463/1‑140 (MQ=255) ttttATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑AAAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGt < 2:1201351/138‑1 (MQ=255) tatGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTg > 2:909099/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:2394461/1‑140 (MQ=255) tATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATGGGACGATTGGGGGGTGAAAGGGGGGGTTTTTGGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt < 2:1243006/140‑1 (MQ=255) tATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAAGGGGGGGTTTTTGGGGGGTT‑ACAGGAAAATTCCAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt < 2:1557862/140‑1 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:191356/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:1243006/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:540318/1‑140 (MQ=255) gggCATGTTTATCGGTTTCGGCGGGTTTTTTAACGGGCCGAGTAGTGGG‑GAAAAGGGGGGGTTTTTGGGGGTTGAAAGTGAAATGCCA‑GCAAAAAAAAACCGCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg < 2:963828/139‑1 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 1:1801764/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 1:1137006/1‑140 (MQ=255) gATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTAt > 1:1108248/1‑140 (MQ=255) aTTATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGTTTGGGGGGGGAAATGAGGGGTTTTTGGGGGGTT‑ACAGGTAAATCCCAGGCAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATg < 2:1801764/140‑1 (MQ=255) tCCGTTTCTGCAGTTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAATGGGGGGTTATTGGGGGGTT‑ACAGGAAAATTCCAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGc < 2:1314930/140‑1 (MQ=255) tttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGa > 1:939967/1‑140 (MQ=255) ttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGAt > 1:1194598/1‑140 (MQ=255) ttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGAt > 1:399740/1‑140 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg > 2:206124/1‑140 (MQ=255) cTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc > 1:2333804/1‑140 (MQ=255) cTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc > 2:2583158/1‑140 (MQ=255) tGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcg > 1:193246/1‑140 (MQ=255) cAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcggc > 1:1815228/1‑140 (MQ=255) cAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcggc > 2:1161093/1‑140 (MQ=255) gggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGt > 1:506133/1‑140 (MQ=255) gttttttAATCGGAGGTTTAGTGGGTAAAAGGGGGGTTTATTTGGGGGTA‑ACAGGTAATTTCCGGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTa < 2:540318/138‑1 (MQ=255) gttttttAATCGGAAGATTAGTGGGTAAAATGGGGGGTTTTTTGGGGGTT‑ACAGTTAAATTCCAGGAAAAAAAACCCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTa < 2:1778347/138‑1 (MQ=255) tttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACg > 1:380358/1‑140 (MQ=255) tttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACg > 1:579293/1‑140 (MQ=255) tttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACg > 1:82637/1‑140 (MQ=255) ggaggaTTGGTGGGTGAAAGGGGGGTTTTTTGGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCGGGCAGAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 1:1888525/140‑1 (MQ=38) ggACGATTGGGGGGTAAAATGGGGGGTTTTTGGGGGGTT‑AAAGGAAAATCCCAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 2:1985580/140‑1 (MQ=37) ggACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 1:2096686/140‑1 (MQ=255) ggACGATTAGTGGGTAAAATGGGGGTTTATTGGGGGTTT‑ACAGGAAAATCCCAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 2:2394461/140‑1 (MQ=38) ggACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGGTTATTGGGGGGTT‑ACAGGTAAATCCCAGGCAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 2:1815228/140‑1 (MQ=39) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:968793/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:1923361/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:2382820/1‑140 (MQ=255) aCGATTAGTGGGTAAAATGAGGGTTTATTGGGGGGTT‑AAAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 1:1317900/140‑1 (MQ=39) aCGATTAGGGGGTGAAATGGGGGGTTTTTGGGGGGTT‑AAAGGAAAATCCCAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:1108248/140‑1 (MQ=37) aCGATTAGGGGGTGAAATGGGGGGTTATTGGGGGTTT‑ACAGTAAAATCCCAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:298979/140‑1 (MQ=37) gATTAGGGGGTAAAATGGGGGGTTTTTCGGGGGTT‑AAAGTTAATTCCAAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGc < 2:2582831/140‑1 (MQ=25) ggTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa > 1:1213974/1‑140 (MQ=255) ggTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa > 1:2582831/1‑140 (MQ=255) ggTAAAATGAGGGTTTATTTGGGGGTC‑ACAGGTAAATTCCAGCAAGAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa < 2:1428654/140‑1 (MQ=38) aggAGGGGTTTTTGGGGGGTT‑ACAGGAAAATCCCAGGCAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGc < 2:968793/138‑1 (MQ=37) tGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 2:2241028/1‑123 (MQ=255) tGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 1:2241028/123‑1 (MQ=255) ggAGGGTTTTTTTGGGGTTT‑ACAGTAAAATTCCAGGAAAAAAAACCCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCa < 2:193246/139‑1 (MQ=37) ggTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTc > 1:1518227/1‑140 (MQ=255) tATTGGGGGGTT‑ACAGGTAAATCCCAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAAt < 2:380358/140‑1 (MQ=37) ggggTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTg > 2:1022097/1‑140 (MQ=255) gTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCaa > 2:621989/1‑140 (MQ=255) aCAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 2:1244946/1‑140 (MQ=255) aCAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 2:2591546/1‑140 (MQ=255) aCAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 1:532839/1‑140 (MQ=255) cAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa < 1:191356/140‑1 (MQ=255) agggTAAATCCCAGGAAGAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa < 2:462170/138‑1 (MQ=255) aaGGAAAATCCCAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa < 2:1518227/139‑1 (MQ=37) gTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACt > 2:631206/1‑140 (MQ=255) aaaTTCCAGGCAGAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 1:2591546/140‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 1:909099/140‑1 (MQ=255) atcccAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTa < 2:2382820/137‑1 (MQ=255) ccAGGCAGAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGc < 2:399740/140‑1 (MQ=255) ccAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGc < 2:1137006/140‑1 (MQ=255) ccAGGAAAAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGc < 2:1923361/140‑1 (MQ=255) aGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCt > 2:996373/1‑140 (MQ=255) ggCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGt > 1:1894917/1‑133 (MQ=255) ggCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGt < 2:1894917/133‑1 (MQ=255) ggCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg > 2:2124775/1‑140 (MQ=255) ggCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg > 1:2534043/1‑140 (MQ=255) ggCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg > 2:1409891/1‑140 (MQ=255) cAGAAAAAACCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt < 1:2583158/140‑1 (MQ=255) aaaaaaaCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag > 1:1547220/1‑140 (MQ=255) aaaCC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgca < 1:631206/140‑1 (MQ=255) | TGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCA > NC_000913/2001781‑2002055 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |