Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGA‑TCCCTGAGGCAGGTAAA‑TCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGT > NC_000913/3926229‑3926503 | tGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGA‑TCCCTGAGGCAGGTAAA‑TCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑cc > 1:1505698/1‑140 (MQ=255) tGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGA‑TCCCTGAGGCAGGTAAA‑TCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑cc > 1:1975410/1‑140 (MQ=255) tGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGA‑TCCCTGAGGCAGGTAAA‑TCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑cc > 1:1602306/1‑140 (MQ=255) tGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGA‑TCCCTGAGGCAGGTAAA‑TCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑cc > 1:2580832/1‑140 (MQ=255) 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1:2329297/1‑140 (MQ=255) tAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTttatt > 2:674/1‑140 (MQ=255) ggCGGCCGGTGCGGCTTTTCGGGGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAaga < 2:331687/139‑1 (MQ=255) aGCGGACGGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAaga < 1:275764/140‑1 (MQ=255) aGCGGACCGTGCAGCTTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAaga < 1:1845630/140‑1 (MQ=255) ggggcccGGGCGGCTTTTGGGGGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAagag < 2:825581/135‑1 (MQ=255) ggcctgTGCGGGGTTTGGGTGAAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTg < 2:2628334/135‑1 (MQ=255) ggACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTg > 2:150389/1‑140 (MQ=255) tGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTAt > 1:770576/1‑140 (MQ=255) tGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTAt > 2:1037116/1‑140 (MQ=255) cGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTAc < 1:383005/140‑1 (MQ=255) gtggaAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGa < 1:853009/140‑1 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1:323828/140‑1 (MQ=255) aaa‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGt > 1:2704551/1‑140 (MQ=255) | TGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGA‑TCCCTGAGGCAGGTAAA‑TCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGT > NC_000913/3926229‑3926503 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |