| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,543,860 | G→T | V232F (GTT→TTT) | rpnA → | recombination‑promoting nuclease RpnA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,543,860 | 0 | G | T | 99.4% | 552.5 / ‑3.2 | 153 | V232F (GTT→TTT) | rpnA | recombination‑promoting nuclease RpnA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (82/70); total (82/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
CCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCAGACATC > NC_000913/3543727‑3543994 | ccTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCg > 2:1349073/1‑140 (MQ=255) aTGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACg < 2:1629499/140‑1 (MQ=255) ggggCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGtt < 2:423674/140‑1 (MQ=255) gCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCAc > 2:1201455/1‑140 (MQ=255) cTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCAcc > 2:909310/1‑140 (MQ=255) cTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCAcc < 2:1486856/140‑1 (MQ=255) cTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGGAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATAATGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAAAGATCAcc > 2:2029428/1‑140 (MQ=255) ggTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGTCGAACGTTCACCGa < 2:1573994/140‑1 (MQ=255) ggTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGa < 1:1089481/140‑1 (MQ=255) ggTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGa < 1:43165/140‑1 (MQ=255) gTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGCGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGGCGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGaa > 2:707748/1‑140 (MQ=255) agCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAacac < 2:1028944/140‑1 (MQ=255) gCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAAcaca > 1:2029638/1‑140 (MQ=255) cAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACaa > 1:1897715/1‑140 (MQ=255) cAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACaa > 1:931121/1‑140 (MQ=255) aaaTGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAg < 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attaAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGa < 1:1237567/140‑1 (MQ=255) taAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACt < 2:1780562/140‑1 (MQ=255) tagtGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTg > 1:1467254/1‑140 (MQ=255) agtGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACTAGGGGCTTTTAATGACTATTGc > 2:545091/1‑140 (MQ=255) gtGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCg > 2:421757/1‑140 (MQ=255) tGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGa < 2:1860670/131‑1 (MQ=255) tGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCgg > 2:220689/1‑140 (MQ=255) tGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCgg > 1:1824047/1‑140 (MQ=255) ggATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGttt < 1:1666381/125‑1 (MQ=255) ggATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGttt > 2:1666381/1‑125 (MQ=255) ggATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGa > 1:564601/1‑140 (MQ=255) ggATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGa > 2:843383/1‑140 (MQ=255) ggATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGa > 2:351171/1‑140 (MQ=255) gATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGaa > 2:296216/1‑140 (MQ=255) gATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGaa > 2:800334/1‑140 (MQ=255) aCGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGa > 1:384104/1‑140 (MQ=255) cGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGAt < 1:479680/140‑1 (MQ=255) cGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGAt < 1:909310/140‑1 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2:1824047/140‑1 (MQ=255) gTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATc < 1:1167510/140‑1 (MQ=255) tttAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGt > 2:1708560/1‑140 (MQ=255) tAACGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTc > 1:1591382/1‑140 (MQ=255) aaCGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTcc > 1:1256346/1‑140 (MQ=255) aCGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCct < 1:1449159/140‑1 (MQ=255) aCGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCct < 2:1730634/140‑1 (MQ=255) cGATTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCctc < 1:1109009/140‑1 (MQ=255) aTTTTATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCtt > 1:691279/1‑140 (MQ=255) ttttATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTg < 1:2190384/140‑1 (MQ=255) ttttATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTg < 1:1872278/140‑1 (MQ=255) tttATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGc > 1:1220950/1‑140 (MQ=255) ttATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCa < 1:1349073/140‑1 (MQ=255) ttATCGACGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCa > 2:1139013/1‑140 (MQ=255) aCGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCAGAcatc < 1:1287526/140‑1 (MQ=255) aCGGCTTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCAGAcatc < 2:1535711/140‑1 (MQ=255) | CCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCAGACATC > NC_000913/3543727‑3543994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |