Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 753,125 | 0 | T | A | 29.1% | 103.1 / 23.6 | 55 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | putative fimbrial protein YbgD/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/6); new base A (0/16); total (33/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGT > NC_000913/752987‑753264 | ggTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCAtata > 2:945698/1‑140 (MQ=255) gTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaa > 1:1162745/1‑140 (MQ=255) ataAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaaaaa > 1:1233636/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 1:559711/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 1:1164227/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 1:531625/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 1:901042/1‑140 (MQ=255) cGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAcccc < 2:1167823/140‑1 (MQ=255) ccATGAATTTTTTAATTAAAAGTTTTGGTTTGCTGATATTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATATCTATATGGGTCTGTAAATGGTTTTTTTTTTTAAATTTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCata < 2:559711/140‑1 (MQ=255) ttttttAATTGAAATTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTTTTCTTTTCTTTTTAAATATCTATATAGGTTTGTTAATGTTTTTTATTTTTACATTTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAAcgg < 2:1222858/139‑1 (MQ=255) tttttAATTGAAAGTTTTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTTTTCTTTTTTTTTTAAATATCTATATAGGTTTGTTAATGGTTTTTTTTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAAcggc < 1:360509/140‑1 (MQ=255) tttAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAAcggcgg > 1:37682/1‑140 (MQ=255) aTTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTa > 2:617613/1‑140 (MQ=255) ttGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTTAAATAt‑tttaaaatt > 2:187713/1‑133 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGc > 1:285934/1‑140 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGc > 1:910474/1‑140 (MQ=255) tattttGAGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATATCTATATAGTTCTTTTAATGGTTTTTATTTTTAAAATTTTTTGTGTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATc < 2:588274/137‑1 (MQ=255) attttGAGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATATTTATATAGGTTTGTTAATGGTTTTTATTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCa < 2:1162745/138‑1 (MQ=255) gAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCAt > 2:769494/1‑140 (MQ=255) aGCTTTTTTTTTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGTTTTTATTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCAtt < 1:810532/140‑1 (MQ=255) aGCTTTTCTTTTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCAtt < 1:251182/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 1:281753/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 1:28032/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAAATTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 2:600137/1‑140 (MQ=255) gTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGtttt > 1:797164/1‑140 (MQ=255) gTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGtttt > 1:512758/1‑140 (MQ=255) gTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGtttt > 2:1015653/1‑140 (MQ=255) ttGTTAATGGTTTTTATTTTTATAATTTTTTGTTTTTAGACATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTc < 2:1274214/139‑1 (MQ=255) tGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCa > 2:615814/1‑140 (MQ=255) tGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCa > 1:15293/1‑140 (MQ=255) tGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAAACAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGGGTTTTTct > 2:1199782/1‑139 (MQ=255) tttAATGGTTTTTTTTTTTAAATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCat < 2:405228/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTAAAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATAGCTTTTAAACCCGCGTCTTTCata > 1:128339/1‑140 (MQ=255) ttAATGGATTGTATGTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGGTAGAATATATTAAAAC‑TGGCAATTAAACCTTATCGATTGTTTTCTTTTTTAAAATCCCGATTTTCcta > 2:298322/1‑140 (MQ=255) actgttttttattttTGCATTTTTTTCTGTTGCGGGATAAAAAAGGTATGCCGCCATGTGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATGTCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 2:991244/134‑1 (MQ=255) aatgttttttttttttAAATTTTTTTGTTTTAAGGCATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 1:398459/134‑1 (MQ=255) aatgttttttattttTACATTTTTTTGTGTTTAGAAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAATTCGCGTTTTTCATATc < 2:828664/134‑1 (MQ=255) aatgatttttattttTAAAATTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 2:374079/134‑1 (MQ=255) aaTGTATTTTTTTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 2:18937/140‑1 (MQ=255) aaTGGATTTTTTTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAAACAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 2:1053548/140‑1 (MQ=255) aaTGGATTTTTTTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGGCATATAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 1:668333/140‑1 (MQ=255) gttttttattttTAAATTTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTg < 2:859887/137‑1 (MQ=255) ggATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTg > 1:739038/1‑140 (MQ=255) gATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGt > 1:859887/1‑140 (MQ=255) gATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGt > 1:405228/1‑140 (MQ=255) tttttttttttACATTTTTTTGTTTTTAGACATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGta < 2:531625/139‑1 (MQ=255) ttttattttTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAAATTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGtat > 2:945777/1‑140 (MQ=255) tgttTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 1:129842/140‑1 (MQ=255) tttttAGGCATATAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCaa < 1:1252157/138‑1 (MQ=255) tttAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATc < 1:769494/140‑1 (MQ=255) tagaaataaAAAAACCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCtt < 2:739038/135‑1 (MQ=255) tAGGCATAAAAAATTCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCtt < 1:1306137/140‑1 (MQ=255) taAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGt > 1:1069100/1‑140 (MQ=255) | GGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAT‑TTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGT > NC_000913/752987‑753264 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |