Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,045,403 | C→A | A402E (GCA→GAA) | yihF → | uncharacterized protein YihF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,045,403 | 0 | C | A | 98.1% | 183.6 / ‑3.3 | 53 | A402E (GCA→GAA) | yihF | uncharacterized protein YihF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (26/26); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
CGCACTCGGCGAACTAAATGCCAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGCAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATCACGATTGACAACAATACCGCCTCGCTG > NC_000913/4045269‑4045536 | cGCACTCGGCGAACTAAATGCCAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAAc > 2:69014/1‑140 (MQ=255) cGCACTCGGCGAACTAAATGCCAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAAc > 2:468828/1‑140 (MQ=255) gCACTCGGCGAACTAAATGCCAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACa > 2:184715/1‑140 (MQ=255) gCACTCGGCGAACTAAATGCCAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACa > 1:724939/1‑140 (MQ=255) aCTCGGCGAACTAAATGCCAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGc < 2:719385/140‑1 (MQ=255) aCTCGGCGAACTAAATGCCAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGc < 2:197962/140‑1 (MQ=255) tCGGCGAACTAAATGCCAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCtt > 2:655339/1‑140 (MQ=255) tCGGCGAACTAAATGCCAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCtt > 1:719786/1‑140 (MQ=255) ggCGAACTAAATGCCAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAAC‑AAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAAt > 1:650354/1‑140 (MQ=255) cAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGaa > 1:378225/1‑140 (MQ=255) tatCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCgg > 2:159960/1‑140 (MQ=255) tATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAg > 2:567547/1‑140 (MQ=255) tATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAg > 1:784157/1‑140 (MQ=255) ttGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAgcg < 2:784157/140‑1 (MQ=255) cGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCaaa < 1:331656/140‑1 (MQ=255) aCCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAg < 2:719786/140‑1 (MQ=255) ccAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAg < 2:66315/138‑1 (MQ=255) ccAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAg > 1:66315/1‑138 (MQ=255) ccAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCa < 1:159960/140‑1 (MQ=255) ccAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCa < 1:468828/140‑1 (MQ=255) catcatCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACaa > 1:365022/1‑140 (MQ=255) atcatcCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGCAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACaaa > 1:273038/1‑140 (MQ=255) catcCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATc < 1:567547/140‑1 (MQ=255) ccACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGc < 2:378225/140‑1 (MQ=255) ccACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGc > 2:208423/1‑140 (MQ=255) ccACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGc < 1:653065/140‑1 (MQ=255) acaaac‑aaGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCggg < 2:650354/140‑1 (MQ=255) caaacaaaGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCggg < 1:69014/140‑1 (MQ=255) aaacaaaGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGga > 2:239804/1‑140 (MQ=255) acaaaGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGgatg < 1:612732/140‑1 (MQ=255) caaaGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGgatga < 1:545871/140‑1 (MQ=255) aGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTTACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGAtgatga > 1:689238/1‑140 (MQ=255) tatCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACAt < 1:294345/140‑1 (MQ=255) atCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACAtt > 1:470921/1‑140 (MQ=255) aaTCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGgatga < 2:778672/129‑1 (MQ=255) aaTCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGgatga > 1:778672/1‑129 (MQ=255) aaTCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGt > 2:773702/1‑140 (MQ=255) tCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCa < 1:382657/140‑1 (MQ=255) gCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGa > 1:551492/1‑140 (MQ=255) gCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGa > 1:629244/1‑140 (MQ=255) tCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATg > 1:554861/1‑140 (MQ=255) tCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATg > 2:500543/1‑140 (MQ=255) gtgAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAAt < 2:724939/140‑1 (MQ=255) tgAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATc > 2:445139/1‑140 (MQ=255) gAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATCa < 2:539341/140‑1 (MQ=255) tACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATCACGAtt < 2:551492/140‑1 (MQ=255) tACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATCACGAtt < 2:629244/140‑1 (MQ=255) tACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATCACGAtt < 1:239804/140‑1 (MQ=255) aCCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATCACGATTg > 2:58579/1‑140 (MQ=255) aCCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATCACGATTg > 2:328001/1‑140 (MQ=255) gtcgttACAGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATCACGATTGACAACAATAc < 2:689238/140‑1 (MQ=255) caGAAACCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATCACGATTGACAACAATACCGCCTCg < 1:655339/140‑1 (MQ=255) aaaCCGAAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATCACGATTGACAACAATACCGCCTCGCTg < 1:184715/140‑1 (MQ=255) | CGCACTCGGCGAACTAAATGCCAATCTGGATATCAGTATTGCCGACCCAGCCAAATCTTCATCATCCACAAACAAAGATATCAAATCGCTCAATTTTGATGTGAAGTTACCGCTTAATGTCGTCACAGAAACCGCAAAACAGCTTAATTTATCTGAAGGAATGGATGCGGAAAAAGCGCAAAAGCAGGCTGATAAACAAATCAGCGGGATGATGACATTAGGTCAGATGTTTCAGTTAATCACGATTGACAACAATACCGCCTCGCTG > NC_000913/4045269‑4045536 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |