New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3653230 | NA (NA) | 59 (1.040) | 42/278 | 0.2 | 95.2% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | NC_000913 | = 3766089 | 3 (0.050) | coding (3907/4134 nt) | rhsA | rhs element protein RhsA |
AAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3653092‑3653230 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG < NC_000913/3766089‑3765952 AAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCC < 1:422302/140‑1 TCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAAT > 2:739110/1‑140 TCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGC < 1:739110/140‑1 TCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGTGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTC < 1:469072/140‑1 TGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCC > 1:604140/1‑140 TCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGA < 2:773103/140‑1 TCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGA < 2:482616/140‑1 GACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTA < 2:164270/140‑1 ACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTAT < 1:888790/140‑1 CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATT < 2:943858/140‑1 CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATT < 1:282610/140‑1 CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATT < 1:33599/140‑1 CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGACGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATT < 1:916426/140‑1 TACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAAATAAGTTGATTACTCATTATGAACCCTTTTCTATGTCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATT < 2:618685/140‑1 ACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTA < 2:848761/140‑1 TGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGA < 2:170399/140‑1 TGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGA < 2:611580/140‑1 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATT > 1:49398/1‑140 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATT < 1:757771/140‑1 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATT > 2:702227/1‑140 TCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCT < 1:347188/140‑1 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTT > 2:244593/1‑140 GGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATG < 1:575667/140‑1 ATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTC‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCG > 2:446627/1‑140 ATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGT > 1:320274/1‑140 ATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTG > 1:570215/1‑126 ATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTG < 2:570215/126‑1 TGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCG > 1:95014/1‑140 CTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCA > 2:745409/1‑140 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCA > 1:791066/1‑140 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCA > 2:309010/1‑140 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCAT < 2:604140/140‑1 CCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGGTTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCA > 1:516439/1‑140 CCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCA > 1:205022/1‑140 CCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCA > 1:389341/1‑140 CTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTT < 1:309010/140‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTT > 2:574872/1‑140 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGCCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTT > 2:922334/1‑140 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCA < 1:949850/140‑1 CTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGC > 1:560977/1‑140 CCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCAT > 2:547506/1‑140 ACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATC > 2:202632/1‑140 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCT > 2:33890/1‑140 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCT > 1:468314/1‑140 ACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCT < 2:167328/140‑1 ACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCT < 1:325030/140‑1 ACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCT < 2:389341/140‑1 ATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTG > 2:6573/1‑140 GGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGC > 1:388878/1‑140 GGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCT > 1:92922/1‑140 GGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCT > 2:692348/1‑140 GGACTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCT > 1:900572/1‑140 CTTGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTT > 1:935797/1‑140 TGTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGG > 1:408343/1‑140 GTTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGG > 2:506966/1‑140 TTCGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGC > 2:563405/1‑140 CGCACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCA < 1:202632/140‑1 CACCTT‑‑CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATG > 1:615796/1‑140 CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG > 1:934505/1‑140 AAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTT‑‑CC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3653092‑3653230 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG < NC_000913/3766089‑3765952 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |