| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,454,367 | G→T | pseudogene (635/2646 nt) | yfcU ← | putative outer membrane usher protein YfcU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,454,367 | 0 | G | T | 99.3% | 532.0 / ‑3.5 | 151 | pseudogene (635/2646 nt) | yfcU | putative outer membrane usher protein YfcU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (75/74); total (76/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CCAGTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCATTTTTTTTGTGTGTCATCGCCGCCAAATTCATCGTCATCATCATTACTGCGCGTATGTTGATAGTTGGTCTGCCAGTCAGCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCCATC > NC_000913/2454230‑2454503 | ccAGTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCATTTTTTTTGTGTGTCATCGCCGCCAAATTCATCGTCATCATCATTACTGCGCGTATGTTGATAGTTGGTCTGCCAGTCAtcg < 1:215782/140‑1 (MQ=255) tttGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCATTTTTTTTGTGTGTCATCGCCGCCAAATTCATCGTCATCATCATTACTGCGCGTATGTTGATAGTTGGTCTGCCAGTCATCGCGCa < 1:2021818/140‑1 (MQ=255) cTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCATTTTTTTTGTGTGTCATCGCCGCCAAATTCATCGTCATCATCATTACTGCGCGTATGTTGATAGTTGGTCTGCCAGTCATCGCGCATACGc > 2:1732460/1‑140 (MQ=255) tttAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCATTTTTTTTGTGTGTCATCGCCGCCAAATTCATCGTCATCATCATTACTGCGCGTATGTTGATAGTTGGTCTGCCAGTCATCGCGCATACGCCa < 1:996649/140‑1 (MQ=255) 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gTCTGCCAGTCATCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGga > 1:2816924/1‑140 (MQ=255) gTCTGCCAGTCATCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGga > 2:1126734/1‑140 (MQ=255) tCTGCCAGTCATCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGgag < 1:410069/140‑1 (MQ=255) tGCCAGTCATCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGAt < 1:527308/140‑1 (MQ=255) gCCAGTCATCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATg > 1:283744/1‑140 (MQ=255) ccAGTCATCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGc < 1:2000445/140‑1 (MQ=255) ccAGTCATCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGc > 2:2823787/1‑140 (MQ=255) ccAGTCATCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGc > 1:1086229/1‑140 (MQ=255) cAGTCATCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGcc < 1:2382447/140‑1 (MQ=255) tCATCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCcatc < 2:2655384/140‑1 (MQ=255) | CCAGTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCATTTTTTTTGTGTGTCATCGCCGCCAAATTCATCGTCATCATCATTACTGCGCGTATGTTGATAGTTGGTCTGCCAGTCAGCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCCATC > NC_000913/2454230‑2454503 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |