| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 586,138 | C→A | intergenic (‑505/+9) | ompT ← / ← envY | outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b)/DNA‑binding transcriptional activator EnvY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 586,138 | 0 | C | A | 98.9% | 671.1 / ‑0.2 | 186 | intergenic (‑505/+9) | ompT/envY | outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b)/DNA‑binding transcriptional activator EnvY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (95/89); total (96/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TGTGAGCGCAGAGATGGCGCGGTAAGTTGTTGACTTAAAATGTCGTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATA > NC_000913/586003‑586273 | tgtgAGCGCAGAGATGGCGCGGTAAGTTGTTGACTTAAAATGTCGTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGATTTg > 1:2057730/1‑140 (MQ=255)tgtgAGCGCAGAGATGGCGCGGTAAGTTGTTGACTTAAAATGTCGTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGATTTg < 1:2088284/140‑1 (MQ=255)tgtgAGCGCAGAGATGGCGCGGTAAGTTGTTGACTTAAAATGTCGTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGATTTg > 2:2320924/1‑140 (MQ=255)tgtgAGCGCAGAGATGGCGCGGTAAGTTGTTGACTTAAAATGTCGTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGATTTg > 1:2695577/1‑140 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2:810222/1‑140 (MQ=255) tCCGATTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCGGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGata > 2:2531192/1‑140 (MQ=255) tCCGATTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAAt < 1:939221/122‑1 (MQ=255) tCCGATTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGata > 1:688129/1‑140 (MQ=255) | TGTGAGCGCAGAGATGGCGCGGTAAGTTGTTGACTTAAAATGTCGTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATA > NC_000913/586003‑586273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |