Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 28.1% | 184.4 / 30.3 | 82 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/3); new base C (0/23); total (56/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAG > NC_000913/2001779‑2002051 | agTGAATTCACGATAAACAACCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGaaaaaa‑a > 2:1348146/1‑140 (MQ=255) aaTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑Acccc > 1:1896611/1‑140 (MQ=255) aaTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑Acccc > 1:457364/1‑140 (MQ=255) aaTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑Acccc > 1:844361/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCccg > 2:1100563/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCccg > 1:1922061/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCccg > 1:487837/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCccg > 1:535987/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCccg > 2:1717139/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGGTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCccg > 2:1599636/1‑140 (MQ=255) ttCACGAAAAACAGCCCTGCTTTATATGAGTTATGGGCATGATTATCCTTTTCGGCGGGTTTTTAAATCGGACGTTTGGGGGGTAAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGAAAATCCCAGGCAAAAAAAA‑CCCccgc < 2:1355745/140‑1 (MQ=255) tCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCccgcc > 2:603837/1‑140 (MQ=255) aaaCAGCCCTGTTTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGATTGGTGGGTGAAATGAGGGTTTTTTGGGGGT‑TTAAAGGTAAATCCCAGGAAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCg < 2:535987/140‑1 (MQ=255) tGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc > 1:279509/1‑140 (MQ=255) tGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc > 1:1056388/1‑140 (MQ=255) gctttATATGATTTATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGGGGGGTTTTTGGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACg < 2:1547780/137‑1 (MQ=255) cGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGt > 1:553220/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 2:113345/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:904045/1‑140 (MQ=255) ttATCGGCATGTTTATCCTTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAATGAGGGGTTATTGGGGGG‑TTACAGTTAAATTCCAGGCAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAt < 2:92516/140‑1 (MQ=255) ttATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGGCGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAt > 2:1520509/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCGGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:92516/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:1610181/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:1520924/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:927847/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:1686508/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:708751/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:891911/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGGTTCTGACTAATTg > 2:1820845/1‑140 (MQ=255) tCGGCATGATTATCCGTTTCGGCGGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgc < 2:904045/140‑1 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGGACGTTGCTGACAAATTgcg > 2:850277/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 2:1504493/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 2:1433446/1‑140 (MQ=255) gCATGATTATCCTTTTCTGCGGGTTTTTTAATGGGATGATTAGTGGGTGAAATGGGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGAAAATCCCAGGAAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCt < 2:1896611/140‑1 (MQ=255) cGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCg > 1:11612/1‑140 (MQ=255) cGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCg > 1:1026332/1‑140 (MQ=255) cGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCg > 2:95022/1‑140 (MQ=255) ttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGAt > 1:1832024/1‑140 (MQ=255) ttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGAt > 1:1109588/1‑140 (MQ=255) cTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc > 2:1091054/1‑140 (MQ=255) cAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcggc > 1:644993/1‑140 (MQ=255) tttttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaaa > 2:1958842/1‑140 (MQ=255) gggagaaTTAGGGGGTGAAATG‑GGGGTTTTTTGGGGGATTACGGGAAAATTCCGGGCAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 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gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:783550/1‑140 (MQ=255) aggATTAGTGGGTGAAATGGGGGTTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 1:1348146/138‑1 (MQ=255) aCGATTGGTGGGGAAAAGGAGGGGTTTTTGGGGGG‑TTACAGGAAATTTCCAGGAAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:1520924/140‑1 (MQ=37) aaTTAGTGGGTAAAAGGGGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGAAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGc < 2:370355/139‑1 (MQ=39) ggTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa > 2:1710386/1‑140 (MQ=255) ggTAAAAGGAGGGTTTTTTGGGGGT‑TTACAGATAAATTCC‑GGCAAAAAAAACCCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa < 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aaaTGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGCAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtgt > 2:1227041/1‑140 (MQ=255) aaaTGAGGGGTTATTTGGGGA‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtgt > 1:214550/1‑140 (MQ=255) aaTGGGGGTTTTTTTGGGGG‑TTAAAGGTAAATTCCAGGAAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtgtg < 2:927847/140‑1 (MQ=37) ggggTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAAt > 1:851964/1‑140 (MQ=255) gggTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAAtt > 1:1242906/1‑140 (MQ=255) tttATTGGGGGG‑TTACAGGTAAATCCCAGGCAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCa < 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tACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAAtt < 1:113345/140‑1 (MQ=255) aCAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 2:1080983/1‑140 (MQ=255) aCAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 2:705122/1‑140 (MQ=255) cAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa < 1:891911/140‑1 (MQ=255) cAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa > 2:2003968/1‑140 (MQ=255) aaaTTCCAGGCAGAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 1:1686508/140‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGAAAAAC‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 2:148619/140‑1 (MQ=255) aaTTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGt > 2:357093/1‑140 (MQ=255) aTTCCAGGCAGAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTa < 1:1091054/140‑1 (MQ=255) tcccAGGAAGAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAg < 2:553220/138‑1 (MQ=255) cAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGcc > 1:1546544/1‑140 (MQ=255) cAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGcc > 1:439840/1‑140 (MQ=255) aaGGAAGAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGca < 2:1984593/139‑2 (MQ=255) ggCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg > 2:5860/1‑140 (MQ=255) ggCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg > 1:364648/1‑140 (MQ=255) aaaaaa‑cCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag < 2:840151/140‑1 (MQ=255) aaaaaa‑cCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag < 2:1242906/140‑1 (MQ=255) aaaaaa‑cCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag < 2:1708955/140‑1 (MQ=255) | AGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAG > NC_000913/2001779‑2002051 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |