BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	NC_000913	583,642	A→G	intergenic (+582/‑39)	tfaX → / → appY	DLP12 prophage; protein TfaX/DNA‑binding transcriptional activator AppY

Read alignment evidence...
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*	NC_000913	583,642	0	A	G	100.0%	506.6 / NA	128	intergenic (+582/‑39)	tfaX/appY	DLP12 prophage; protein TfaX/DNA‑binding transcriptional activator AppY
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aTAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGgctact                                                                                                                               <  2:1751799/140‑1 (MQ=255)

    aaaaCAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCa                                                                                                                           >  1:293539/1‑140 (MQ=255)

         aacaTACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTg                                                                                                                      >  1:2065162/1‑140 (MQ=255)

            atacataTAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGttt                                                                                                                   <  1:1458906/140‑1 (MQ=255)

             tacataTAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATAATCCTGACTATGATTGTGTATTTAATTGGGTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGtttt                                                                                                                  >  2:616348/1‑140 (MQ=255)

                atatAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAAt                                                                                                               <  1:1164079/140‑1 (MQ=255)

                      taatTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGtttt                                                                                                                  >  1:336399/1‑131 (MQ=255)

                      taatTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGtttt                                                                                                                  <  2:336399/131‑1 (MQ=255)

                      taatTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATg                                                                                                         >  1:1448588/1‑140 (MQ=255)

                        atTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGAt                                                                                                       <  1:1680379/140‑1 (MQ=255)

                        atTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGAt                                                                                                       <  1:740868/140‑1 (MQ=255)

                        atTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGAt                                                                                                       <  2:1856822/140‑1 (MQ=255)

                         tttAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATa                                                                                                      >  2:1136617/1‑140 (MQ=255)

                           tAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAgg                                                                                                    >  1:1606142/1‑140 (MQ=255)

                           tAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAgg                                                                                                    >  1:1090185/1‑140 (MQ=255)

                             aTCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGAt                                                                                                       >  1:1727467/1‑135 (MQ=255)

                              tCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGc                                                                                                 >  1:2064409/1‑140 (MQ=255)

                                ttAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCaa                                                                                               <  1:1634619/140‑1 (MQ=255)

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                                  aaaTGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGa                                                                                             <  2:852416/140‑1 (MQ=255)

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                                                aaaaTTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGa                                                                                             >  1:1014460/1‑126 (MQ=255)

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                                                                       tgtATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATc                                                        >  1:627230/1‑140 (MQ=255)

                                                                       tgtATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATc                                                        >  1:1244846/1‑140 (MQ=255)

                                                                       tgtATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATc                                                        >  2:416859/1‑140 (MQ=255)

                                                                          ataAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCAtt                                                     <  2:1090185/140‑1 (MQ=255)

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                                                                               aaTATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGAtt                                                <  2:687863/140‑1 (MQ=255)

                                                                                   taAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAAt                                            >  1:1342316/1‑140 (MQ=255)

                                                                                    aaaTGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAAtt                                           <  2:627230/140‑1 (MQ=255)

                                                                                    aaaTGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAAtt                                           <  1:1136617/140‑1 (MQ=255)

                                                                                    aaaTGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAAtt                                           <  1:416859/140‑1 (MQ=255)

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                                                                                       tGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATtata                                        <  2:1083667/140‑1 (MQ=255)

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                                                                                           catcatCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACa                                    >  1:1498913/1‑140 (MQ=255)

                                                                                           catcatCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACa                                    <  2:1342316/140‑1 (MQ=255)

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                                                                                            atcatcCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAg                                   <  2:1746326/140‑1 (MQ=255)

                                                                                            atcatcCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAg                                   <  1:1306778/140‑1 (MQ=255)

                                                                                             tcatcCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGA‑TTAATTATAAACAGga                                 <  2:2065162/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                tcCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGgaga                               >  1:670990/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                 ccTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAg                                   >  1:1828909/1‑135 (MQ=255)

                                                                                                 ccTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAg                                   >  2:1545667/1‑135 (MQ=255)

                                                                                                 ccTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGagag                              >  1:1319477/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                 ccTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGagag                              >  2:1669028/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                        aTGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATaaa                                      >  1:414003/1‑125 (MQ=255)

                                                                                                        aTGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATaaa                                      <  2:414003/125‑1 (MQ=255)

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                                                                                                          gATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAg                                   <  1:1330436/126‑1 (MQ=255)

                                                                                                          gATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAg                                   >  1:1654981/1‑126 (MQ=255)

                                                                                                          gATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGt                     >  1:541063/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                          gATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAAAAGGAGAGTTATCTCGt                     >  2:1090163/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                           aTTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGtt                    >  1:1646896/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                           aTTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGtt                    >  2:1063693/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                           aTTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGtt                    >  2:563867/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                           aTTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGtt                    >  1:691657/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                              gtgtATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaa                 >  1:1778895/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                               tgtATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaaa                >  2:1408538/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                               tgtATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaaa                >  1:881080/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                               tgtATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaaa                >  1:1913774/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                 tATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaaaaa              >  2:723913/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                 tATTTAATTGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaaaaa              >  1:194721/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                        tttgttgttCTTTGTCTACTATCATTTTGTTTTAATTTTATGATAGGTTCAAGATGGTTTATGTTTGATCCGTAGTTTTCTTTTGTCAATCATTTCTTTTTATTATAATCAGTCTAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCa       <  2:431569/137‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        ttGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCa       <  2:1498913/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        ttGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCa       >  2:119829/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                        ttGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCa       <  1:539701/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        ttGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGACTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCa       <  2:1244846/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         tGGTTGTTATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCAt      >  2:951350/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                           gttgttATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCa       <  1:758344/137‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           gttgttATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCa       >  2:758344/1‑137 (MQ=255)

                                                                                                                           gttgttATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCATTg    >  2:340064/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                           gttgttATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCATTg    >  1:447283/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                           gttgttATTTGGCTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCATTg    >  2:1931075/1‑140 (MQ=255)

ATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCATTGTT  >  NC_000913/583508‑583772

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 25 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 35 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`