Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 753,125 | 0 | T | A | 42.5% | 39.7 / 27.8 | 40 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | putative fimbrial protein YbgD/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/2); new base A (0/17); total (21/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCA > NC_000913/752987‑753251 | ggTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCAtata > 1:347187/1‑140 (MQ=255) ataAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaaaaa > 2:158283/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 2:724865/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 1:91215/1‑140 (MQ=255) 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1:14410/1‑140 (MQ=255) atatCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTTGCAATTAACCATTAACGCTTGGTATCGCttttt > 2:841580/1‑139 (MQ=255) tCTATATAGGTCTTTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGAAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAg < 1:626721/140‑1 (MQ=255) taGGTTTGTTAATGTTTTTTTTTTTTAAATTTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGt < 2:816965/140‑1 (MQ=255) taGGTTTGTTAATGGTTTTTATTTTTAAATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGt < 2:91215/140‑1 (MQ=255) ggTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGttt > 2:734136/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAAACATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCa > 1:167775/1‑140 (MQ=255) tGTTAATGGATTTTA‑TTTTACAATTTTTTGGGTTTAAGGATATAAAAATCAACCCGGCATATTAACGGCGGGGTTAAAAAATTTCAAACTTACAAATAAACAATTAACCCTT‑ATATTGCCTTTTAAATCCCCttttttct > 2:7663/1‑137 (MQ=255) gTTAATGATTTTTTTTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCat < 2:347187/140‑1 (MQ=255) ttAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTTAAGTCGCGTTTTTCata > 2:556484/1‑140 (MQ=255) ttAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTtata > 1:642950/1‑140 (MQ=255) ttAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCata > 1:554937/1‑140 (MQ=255) aaTGTATTTTATTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 1:713753/140‑1 (MQ=255) aaTGGTTTTTATTTTTACATTTTTTTGTGTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 1:232321/140‑1 (MQ=255) aaTGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 1:466869/140‑1 (MQ=255) aaTGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 1:817803/140‑1 (MQ=255) ttttttttAAATTTTTTTTTTTTTAGGAAAAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATAc < 2:218722/137‑1 (MQ=255) aaatttttttGTGTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGAcg < 2:554937/136‑1 (MQ=255) atttttttGTGTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGAcgcg < 1:158283/138‑1 (MQ=255) ttttttGTGTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGa < 2:286958/140‑1 (MQ=255) tttttGTGTTTAGAAATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGAc < 2:642950/140‑1 (MQ=255) tgtgTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 1:700706/140‑1 (MQ=255) gtgtTTAGGCATAAAAAAACCACCCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCa < 1:269153/140‑1 (MQ=255) | GGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGC‑GGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCA > NC_000913/752987‑753251 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |