| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 30.6% | 76.2 / 21.0 | 36 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 domain‑containing protein YiiQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/1); new base T (0/11); total (24/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111610‑4111885 | ttttGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACgtttgtt > 1:478952/1‑140 (MQ=255) tCATTTATTAAACCTTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATGGGTTA‑AACAGCGAGGGTCACCCCTTTTC‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCGGTCCCCCTTCTGTCGGGGTATAATAAC‑TTTTTTTTTcc‑c < 2:1133317/140‑1 (MQ=255) ttttATTCAACCCTTAAAGCATTTCAGATGGCGCCAGCTTAATCGGTCC‑AACAGCGAGGGTCACCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCAACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATAACTTTTTTTTTCcc‑cc < 2:702855/139‑1 (MQ=255) tttATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑ccg > 1:182791/1‑140 (MQ=255) aCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTtagta > 1:553179/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGAc > 2:682383/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGAc > 1:467761/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGAc > 1:66102/1‑140 (MQ=255) tAGCGCCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCt > 2:554340/1‑140 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 2:956/1‑140 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 2:227904/1‑140 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 1:982829/1‑140 (MQ=255) cccatttAATTGGTTTAAACAGCGAAGGTCACCCCTTTTC‑CCCCGTTGCCCGCAACAAAATAACGCAGTGCCCTTTCTGTCTGGGTTTAATAATGTTTTTTTTCCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt < 2:256659/135‑1 (MQ=255) gCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtgt > 1:1065680/1‑140 (MQ=255) ttaaaTCGGTAA‑AACAGGGAAGGCCCCCCCTTTTT‑CGCTGTTGTCCGCAAAAACATAACGCGGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATACTTTTTTTTTTCCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtgtg < 2:15309/137‑1 (MQ=255) 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2:555302/1‑140 (MQ=255) gctgTTGCCCGCAAAAACATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATATCTTTTTTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 2:481152/137‑1 (MQ=255) gCCGTTGCCCGCGAAAACATACCGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGAAATAACGTTTGTTTTCCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 2:478952/140‑1 (MQ=255) cGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTGGGTTTAATAATTTTTTTTTTCCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCt < 2:908898/140‑1 (MQ=255) tttGCCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAACTTTTTTTTTCCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 1:956/139‑1 (MQ=255) gtggccagcgAAAACATACCGCTGTGCCCTTTCGGTCTGGGTTTAATACTTTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 2:1070513/133‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 1:781175/1‑140 (MQ=255) gCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgcttt > 1:590724/1‑140 (MQ=255) cccTTCTGTCTGGGTGTAATATTTTTTTTTTTCCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGctttcgctttcg < 2:982829/139‑1 (MQ=255) tttCTGTCTGGGTTTAATAATTTTTTTTTTCCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg < 1:227904/139‑1 (MQ=255) cttttttctgGGTTTAAAAATTTTTTTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg < 2:614919/134‑1 (MQ=255) gTCTGGGTGAAATACCTTTTTTTTTCCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCttt < 1:107020/140‑1 (MQ=255) tcGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTg > 1:877866/1‑140 (MQ=255) ggTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct > 2:244424/1‑140 (MQ=255) ggTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct > 1:1119973/1‑140 (MQ=255) ataaCGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc > 2:298989/1‑140 (MQ=255) aatgtttttttTCCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTTGcccc < 2:877866/137‑1 (MQ=255) aaCGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcccc > 1:347592/1‑140 (MQ=255) tttttttttTCCGCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTg < 2:927502/139‑1 (MQ=255) tttgtttTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct > 1:856292/1‑128 (MQ=255) tttgtttTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct < 2:856292/128‑1 (MQ=255) tttgtttTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 1:1144810/1‑140 (MQ=255) tttgtttTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTCGa > 1:927502/1‑140 (MQ=255) tgtttTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 2:482745/1‑140 (MQ=255) | TTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTC‑AACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCC‑CCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111610‑4111885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |