| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 31.0% | 161.7 / 40.6 | 71 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 domain‑containing protein YiiQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/3); new base T (0/22); total (46/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGG‑TGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111608‑4111885 | ctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGG‑TGTAATAACgcttg > 1:1012702/1‑140 (MQ=255) acagaTTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTCCAACAGCGAAGGCCACCCCCTTTC‑CGCCGTTGTCCGCAACAAAATAACGCGGTGCCCCTTCTGTCTGGG‑TGTAATAACGTTTTTTTTC‑cccc < 2:912476/136‑1 (MQ=255) tttATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTAGG‑TGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCccg > 1:2277478/1‑140 (MQ=255) ttATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGG‑TGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCccgc > 1:376457/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGG‑TGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGctgt > 1:912476/1‑137 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGG‑TGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 2:2425529/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGG‑TGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 2:1717801/1‑140 (MQ=255) aaGCGATTCAGATAGCCCCAGTTTAATCGTTTCAACAGCGAAGGTCACCCCTTTTC‑CGCCGTTGTCCGCAACAACATACCGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGG‑TTTAATAATTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACt < 2:2234772/140‑1 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGG‑TGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 2:1606175/1‑140 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGCCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGG‑TGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 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agtgggTTCAACGGCAAGGGTCCCCCCTTTTT‑CCCGGTTGCCCGGAACAACAAAACGAGGCCCACC‑TCCGTCCGGGTTTTAATATTGTTTTTTTCC‑CGCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGttt < 2:573875/136‑1 (MQ=255) aacagtttCAACAGCGAAGGTCACCCCTTTTT‑CGCCGTTGCCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCTTTCTGTCTGGG‑TGTAATAACTTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGttt < 2:217166/134‑1 (MQ=255) aTCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGG‑TGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGtttt > 1:604338/1‑140 (MQ=255) tCGGTAAAACAGCGAGGACCCCCCCCTTTC‑CGCTTTTGCCCGCGACAACAAAACGCACTCCTCCTTCTGTCGGGG‑TGAAATATGTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTg < 2:1697538/140‑1 (MQ=255) gtttCAACAGCGAGGGTCCCCCCCTTTT‑CGCCGTTGCCCGCAACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGG‑TGTAATAACGTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:1686555/138‑1 (MQ=255) gttaaaaCAGCGAAGGCCCCCCCCTTTT‑CGCGTTTGTCCGCAAAAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGG‑TGTAATATCTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 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1:1127929/140‑1 (MQ=255) aaaCGTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc < 2:1166160/139‑1 (MQ=255) aaCGTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcccc < 1:327822/140‑1 (MQ=255) aaCGTTTGTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcccc < 1:1606175/140‑1 (MQ=255) aCGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCt > 2:238157/1‑140 (MQ=255) cGTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTg < 1:1303833/140‑1 (MQ=255) ttttttttT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTG‑TTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGAt < 2:140100/140‑1 (MQ=255) tttgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 2:989072/1‑140 (MQ=255) tttgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 2:2303862/1‑140 (MQ=255) tttgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 1:2045805/1‑140 (MQ=255) tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGTTCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 2:1194564/1‑140 (MQ=255) tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctct > 1:379941/1‑128 (MQ=255) tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc > 2:363639/1‑132 (MQ=255) tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc > 2:2105176/1‑132 (MQ=255) tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc < 1:2105176/132‑1 (MQ=255) tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 1:481322/1‑140 (MQ=255) tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 1:1050510/1‑140 (MQ=255) tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGAATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGc > 1:398702/1‑131 (MQ=255) | CTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGG‑TGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111608‑4111885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |