| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,161,899 | G→T | G146C (GGT→TGT) | mdtD → | putative multidrug efflux pump MdtD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,161,899 | 0 | G | T | 100.0% | 29.1 / NA | 10 | G146C (GGT→TGT) | mdtD | putative multidrug efflux pump MdtD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (3/7); total (3/7) | |||||||||||
GTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATG > NC_000913/2161766‑2162018 | gTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCTGTCCgc > 2:118529/1‑140 (MQ=255) tGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCTGTCCGCTGCTc > 2:250329/1‑140 (MQ=255) gCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCTGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGt < 1:328903/140‑1 (MQ=255) gcgATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCTGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGa < 2:332586/140‑1 (MQ=255) tGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCTGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCttt < 1:250329/140‑1 (MQ=255) cGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCTGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTg < 1:75313/140‑1 (MQ=255) atgaAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCTGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCaa < 2:297704/140‑1 (MQ=255) gTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCTGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGt < 1:79576/140‑1 (MQ=255) ttGTCACGTTACCCGGTCAGGTCTGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTa > 2:244076/1‑140 (MQ=255) tCACGTTACCCGGTCAGGTCTGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATg < 1:244076/140‑1 (MQ=255) | GTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATG > NC_000913/2161766‑2162018 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |