Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,926,366 | 0 | A | C | 21.9% | 231.0 / 18.8 | 96 | G30G (GGT→GGG) | mioC | flavoprotein MioC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/16); new base C (0/21); total (59/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGT > NC_000913/3926229‑3926503 | tGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑cc > 1:1430386/1‑140 (MQ=255) ttCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATACCCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCg < 1:277492/140‑1 (MQ=255) ccTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATACCCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGCCCGTGCAGCGTTTCGGTGGAAAAA‑CCCGcc < 2:827300/140‑1 (MQ=255) cTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAACGGTTGTCCGTAATACCTCCGGCTCCGTGGGTGGGGCGGAAAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGATAAATCTTCTAACAGGGGACCGTGCGGGGTTACGGTGGAAAAT‑CCCGCct < 2:1655210/140‑1 (MQ=255) 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1:724312/137‑1 (MQ=255) gCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTttattactgt > 1:1178369/1‑136 (MQ=255) cGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGt > 2:1692655/1‑140 (MQ=255) cGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGt > 1:247142/1‑140 (MQ=255) cGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATATGCCATAAACCGc > 2:1599307/1‑124 (MQ=255) ggACCGTGCAGCGTTTGGGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTg < 1:494974/140‑1 (MQ=255) ggACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTg > 1:1655672/1‑140 (MQ=255) ggACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTg > 1:1053501/1‑140 (MQ=255) gACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGCGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTgg > 1:1216627/1‑140 (MQ=255) cccGTGCACCTTTGGGGGGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGTTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGc < 1:398979/139‑1 (MQ=255) ggcggtttttGGGGGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTAt < 2:1053501/133‑1 (MQ=255) gCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTAtt > 1:1569293/1‑140 (MQ=255) gtttctCGTTGGAAAGA‑CCCCCCTCTTCCAGCTTTACAGCCAGGTGTTCTGCTTCATATTCGGCCCCGCCGAGGGTTTTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTa < 2:1216627/135‑1 (MQ=255) cGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTAc > 2:896883/1‑140 (MQ=255) gTTTCGGGTGTAAAACCCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTAc < 2:1744648/140‑1 (MQ=255) gttgaaaaac‑CCCGCCTCTTCCAGTTTTTCAGCCGGGTGTTCTGTTACATTTTCGGCTCCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCtgtg < 2:436289/134‑1 (MQ=255) ggtggtAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCtgtg < 1:319659/140‑1 (MQ=255) tggtAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGaa < 1:1602194/140‑1 (MQ=255) tggtAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGaa < 1:1692655/140‑1 (MQ=255) gggaaaac‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGaa < 1:512416/136‑1 (MQ=255) gtAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAAcg > 2:677189/1‑140 (MQ=255) aaa‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGt > 2:554768/1‑140 (MQ=255) aaa‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGt < 1:983316/140‑1 (MQ=255) | TGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGT > NC_000913/3926229‑3926503 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |