| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→10 | intergenic (‑85/+172) | iraM ← / ← ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 97.4% | 131.3 / ‑2.9 | 39 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (32/6); total (33/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 2 | . | C | 87.2% | 117.7 / 11.5 | 39 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/1); new base C (29/5); total (33/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
TATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAAT > NC_000913/1211941‑1212189 || tatGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTa > 2:205378/1‑140 (MQ=255)tatGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTa > 1:513415/1‑140 (MQ=255) cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑‑ccccc > 2:478813/1‑140 (MQ=255) cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑‑ccccc > 2:182536/1‑140 (MQ=255) cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑‑ccccc > 1:191456/1‑140 (MQ=255) aaaaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑‑cccccccc > 1:232339/1‑140 (MQ=255) aTGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGTTTTTCCATATGAGTATCTAA‑‑‑CCCCCCCCCCccaaaaaaacaaa > 1:99493/1‑134 (MQ=255) aTGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAaaataaa > 1:226274/1‑140 (MQ=255) tGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAaaataaat > 1:164751/1‑140 (MQ=255) aGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAaattaa > 1:401616/1‑140 (MQ=255) gTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAaattaatt > 2:49230/1‑140 (MQ=255) aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTaaaa > 1:291616/1‑140 (MQ=255) aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTaaaa > 2:245841/1‑140 (MQ=255) aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 1:205378/140‑1 (MQ=255) ttACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg > 1:136367/1‑140 (MQ=255) ttACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:35585/140‑1 (MQ=255) cGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATgg > 2:417914/1‑140 (MQ=255) tACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaa > 2:275858/1‑140 (MQ=255) tATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaat > 1:142856/1‑140 (MQ=255) aTCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaata > 1:364191/1‑140 (MQ=255) tCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaataa > 1:398359/1‑140 (MQ=255) cTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTTTATAAAATAAAAtt > 1:237907/1‑140 (MQ=255) ttGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAga > 1:340501/1‑139 (MQ=255) ttGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAga > 1:169430/1‑139 (MQ=255) tGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCa < 2:449788/140‑1 (MQ=255) gTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCaa > 1:161314/1‑140 (MQ=255) ttATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAg > 2:124165/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATg > 2:311452/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATg > 1:116729/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATATCAATGGATg > 1:324765/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCCCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAACCAAGAAATCTCAATGGAtt > 2:266046/1‑139 (MQ=255) tttAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTaaa < 1:166774/140‑1 (MQ=255) ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAAAAAAATTTAAAAAAAGGAATATCAAAGGATTTTAAAAAAAAta > 2:22885/1‑139 (MQ=255) ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATga > 2:133096/1‑140 (MQ=255) ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATga > 2:293984/1‑140 (MQ=255) ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATga > 1:445263/1‑140 (MQ=255) ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgag > 2:53575/1‑140 (MQ=255) ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgaga > 2:429809/1‑140 (MQ=255) ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 2:48460/1‑140 (MQ=255) tAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTtg > 2:159151/1‑140 (MQ=255) gATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGa < 1:33210/140‑1 (MQ=255) tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATATGATTTTGTGaaa > 2:494320/1‑140 (MQ=255) tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCCCAAAAAAATAAATTAATTAACATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAAATTTTGTGaaa > 2:304709/1‑140 (MQ=255) tATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCaa > 2:130541/1‑140 (MQ=255) aTTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAAt < 2:136367/140‑1 (MQ=255) || TATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAAT > NC_000913/1211941‑1212189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |