Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,274,865 | 0 | T | G | 28.9% | 73.6 / 15.3 | 38 | T15P (ACC→CCC) | garP | galactarate/glucarate/glycerate transporter GarP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/15); new base G (11/0); total (23/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GAAGATGTAACCCATCGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAA > NC_000913/3274731‑3275003 | gaagaTGTAACCCATCGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCa < 1:289644/140‑1 (MQ=255) aagaTGTAACCCATCGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGccc > 1:448053/1‑138 (MQ=255) aTCGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCttttt < 2:165242/140‑1 (MQ=255) aTCGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCttttt < 2:475205/140‑1 (MQ=255) aTCGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCTTTCttttt > 1:482622/1‑140 (MQ=255) tCGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAAAAAAAAAAATCAGTAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCTTTCtttttt > 2:7669/1‑140 (MQ=255) cGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCttttttt > 1:357554/1‑140 (MQ=255) gCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTC‑TTTTTTCGTCAACg < 2:248798/140‑1 (MQ=255) aaCTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTc < 1:410763/140‑1 (MQ=255) aaCTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCCTTCTTTTTTTTGTCAACGGGGTc > 2:231997/1‑140 (MQ=255) ctctTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCa < 2:357554/140‑1 (MQ=255) ctctTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAAAAATCAGTAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCa > 1:387622/1‑140 (MQ=255) cTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTAcc < 2:482622/140‑1 (MQ=255) tCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTc > 1:303437/1‑140 (MQ=255) tCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGGAACAATAAAAAAAATCAGTAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCTTTCTTTTTTTTTTCAACGGTGGCCAGAATCATTTTTTTTACCTc > 2:376596/1‑140 (MQ=255) gCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAAAAATCAGTAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCCTTCTTTTTTTTGTCAACGGTGTTCAGAATCATTTTATTTTCCTCcgggatttt > 2:480947/1‑134 (MQ=255) cGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGGGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGGACTTTTGCTGtttttt > 1:6900/1‑140 (MQ=255) cGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAAAAAAAAAAATCAGTAAAATTAAATAGCGGGGATGCACGCCTTTCTTTTTTTTGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGAttttt > 2:289442/1‑140 (MQ=255) gTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTtta < 2:192904/140‑1 (MQ=255) tGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGAGGGGATGCACGCCTTTTTTTTTTTTGTCAAAGGGGTCCAGAATCATTTTTTTTACCTCGGGGACTTTTGtttttttttttt > 2:261289/1‑140 (MQ=255) tGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAAAAATCAGTAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCCTTTTTTTTTTTGTCCACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGTTTTttatt > 2:252982/1‑140 (MQ=255) tCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAAAAATCAGGAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCTTTTTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATgg > 1:159044/1‑140 (MQ=255) gCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGa < 1:376596/140‑1 (MQ=255) gCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGa < 2:478554/140‑1 (MQ=255) gTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAg < 2:517284/140‑1 (MQ=255) gTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAg < 2:448053/140‑1 (MQ=255) gTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAAAAATCAGTAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCTTTCTTTTTTTTGTCAACGGGGTCCAGAATCATTTTTTTTACCTCGGGTACTTTTTCTGGTTTTTTTTATTATGGGGGAg > 2:314201/1‑140 (MQ=255) cggcggTAATAATAAAAATAAAAAGGAAAATTTAAAAGGGGGGATGCACGCCTTTCTTTTTTTTGTCAAAGGGGTCCAAAATCATTTTTTTTACCTCGGGGACTTATGGTTGTTTTTATTATTTTTGGGGAGGGGttttt > 2:299958/1‑140 (MQ=255) ggTAACAATAAAAATAATCAGGAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCCTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTTTTTACCTCGGGGACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATg > 1:143956/1‑140 (MQ=255) gTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGGATGCACGCCTTTCTTTTTTTTGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGGACTTATGCTGATTTTTATTATTTTGGGGGAGGGGTTATTTATGa > 1:425701/1‑140 (MQ=255) tAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAg > 1:448871/1‑140 (MQ=255) tAACAATAAAAAAAATCAGTAATATTAAAAAACGGGGATGCACGCCTTTCTTTTTTTTGTCAACCGTGTCCAGAATCATTTTATTTTCCTCCGGTACTTATTTTGATTTTTTTTATTTTTGGGGAGGGGTTATTTTTGAg > 2:143338/1‑140 (MQ=255) aataatCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTAt > 2:88861/1‑140 (MQ=255) atCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCg > 1:53814/1‑140 (MQ=255) atCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCg > 2:263136/1‑140 (MQ=255) cAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTa > 2:99669/1‑140 (MQ=255) ttAAATAGCGGGTATGCACGCTTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAAt < 2:264551/140‑1 (MQ=255) tAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACt > 2:190948/1‑140 (MQ=255) gCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCg < 1:282814/140‑1 (MQ=255) cGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGTCAATGAACTCgg > 2:40884/1‑140 (MQ=255) cGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCgg > 1:286556/1‑140 (MQ=255) cGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCgg > 2:51606/1‑140 (MQ=255) gTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGaa < 1:231997/140‑1 (MQ=255) gTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGaa < 2:286556/140‑1 (MQ=255) | GAAGATGTAACCCATCGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAA > NC_000913/3274731‑3275003 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |