| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 770,897 | 0 | T | G | 34.5% | 91.7 / 15.1 | 55 | intergenic (+286/‑561) | mngB/cydA | alpha‑mannosidase/cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/26); new base G (19/0); total (29/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.37e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGTAGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTA > NC_000913/770758‑771036 | gCGTAGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGt < 1:1676301/140‑1 (MQ=255)gCGTAGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGt < 1:434072/140‑1 (MQ=255) cATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTAt < 2:1931380/140‑1 (MQ=255) aTCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATg < 1:1041416/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ctcAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcg < 1:742473/140‑1 (MQ=255) ctcAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcg < 1:305094/140‑1 (MQ=255) ctcAAGCCACGTATATATGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcg < 1:1112982/140‑1 (MQ=255) tcAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt > 1:132760/1‑140 (MQ=255) aaGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgtcg > 1:309206/1‑140 (MQ=255) cGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAg > 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(MQ=255) tATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTTGTAATCCTGGAACTCTTCCTCGTATTTGCCAGTGTCCaaaaa > 2:1934869/1‑140 (MQ=255) aTTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaa < 1:96291/140‑1 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCCGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGt > 2:585883/1‑140 (MQ=255) ggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGGTTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTTAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGtt > 1:868061/1‑140 (MQ=255) ggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGtt > 2:924623/1‑140 (MQ=255) ggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGtt > 2:1223746/1‑140 (MQ=255) ggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGtt > 1:1677/1‑140 (MQ=255) ggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGtt > 1:1334819/1‑140 (MQ=255) gTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGttt > 1:151394/1‑140 (MQ=255) gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTgt > 1:921331/1‑139 (MQ=255) ttAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCt < 1:1223746/140‑1 (MQ=255) ttAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATTCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCt 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(MQ=255) tAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAAttt > 2:216030/1‑139 (MQ=255) cTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATTCCTTTATTAGTAATCCTTAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCCAAAAAAGAATTAAAGTCAACCGTGCTGTTTTTTCTTTGTCTCTTTTTATCTTTAATTTCCa > 2:259091/1‑140 (MQ=255) cTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCCGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCa < 1:585883/140‑1 (MQ=255) aaaTGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATTCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTGCGGCGTATTTGCCAGTGACCAAAAAAAAAAATAAGGGCAACCGTGCTGTTTTTTTTTTGTCTCTTTTTTTCTTTAATTTCCAAc > 2:909534/1‑140 (MQ=255) aTGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCg > 2:609282/1‑140 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAAc < 1:259091/140‑1 (MQ=255) ttGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGGGCTGTTTTTTCTTCGTCTCTTTTTTTTTTTAATTGCCAACCGAAACTAAtt > 1:1695406/1‑140 (MQ=255) tGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAAttt < 2:202806/140‑1 (MQ=255) tGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAAttt < 2:151394/140‑1 (MQ=255) cGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCATCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAg < 1:1934869/140‑1 (MQ=255) gTGGGTTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAACCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAGGGCAACCGGGCTGTTTTTTCTTCGTCTCTTTTTTTCTTTAATTTCCAACCGAAACTAATTTTAGCCtt > 2:790537/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |