Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,645,034 | 0 | A | C | 28.4% | 148.3 / 22.4 | 74 | intergenic (‑132/+85) | rem/hokD | Qin prophage; protein Rem/Qin prophage; toxic protein HokD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/16); new base C (0/21); total (37/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCG > NC_000913/1644895‑1645172 | ttCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATaaaaacaaaaa > 1:1052480/1‑140 (MQ=255) ttCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATaaaaacaaaaa < 2:1719650/140‑1 (MQ=255) ttCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATaaaaacaaaaa > 2:1419832/1‑140 (MQ=255) catcaGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGC‑CTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACccgcc < 1:1289601/140‑1 (MQ=255) gAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAg > 2:513975/1‑140 (MQ=255) gAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAg < 1:1597956/140‑1 (MQ=255) gAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAg < 2:1306159/140‑1 (MQ=255) aaTCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGc < 1:63999/140‑1 (MQ=255) ccTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCggg < 1:1302152/140‑1 (MQ=255) ttCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGtt > 1:549903/1‑140 (MQ=255) ttCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGtt < 1:1419832/140‑1 (MQ=255) ccGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTaa > 2:1336333/1‑140 (MQ=255) ccGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTaa > 2:1924983/1‑140 (MQ=255) aTTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCggg < 1:668382/140‑1 (MQ=255) aTTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCggg < 1:1834872/140‑1 (MQ=255) cccccTTTAAGGGCCCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGa < 1:1742083/139‑1 (MQ=255) ccccTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAg < 2:1800220/140‑1 (MQ=255) cccTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAgg > 2:1203486/1‑140 (MQ=255) tAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGAtgcc < 1:778412/140‑1 (MQ=255) tAAGGGACCACCCCTCTTACCCCTGCGCGCTACTTAAGTTTTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGAtgcc < 2:680622/140‑1 (MQ=255) aGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGAtgcctg < 1:1203486/140‑1 (MQ=255) gggACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGAtgcctgc < 1:559400/140‑1 (MQ=255) ccATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCcaca > 1:734954/1‑140 (MQ=255) cATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACAt > 1:1306906/1‑140 (MQ=255) cATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACAt > 1:1573036/1‑140 (MQ=255) cATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACAt > 2:353179/1‑140 (MQ=255) cATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACAt > 1:933770/1‑140 (MQ=255) aTCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGAtgcctg > 2:508776/1‑133 (MQ=255) aTCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGAtgcctg < 1:508776/133‑1 (MQ=255) tCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCa > 1:762075/1‑140 (MQ=255) tCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCa > 2:1189604/1‑140 (MQ=255) tCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCa > 1:190797/1‑140 (MQ=255) aTCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGc > 1:1632988/1‑140 (MQ=255) cTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAgg > 1:1524602/1‑140 (MQ=255) tGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAggg > 1:355306/1‑140 (MQ=255) gcgcgcTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGa > 2:1777867/1‑140 (MQ=255) cgcgcTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGAt > 1:739614/1‑140 (MQ=255) gcgcTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGAtt > 1:1100514/1‑140 (MQ=255) tttAAGTATTTTTGATTCTATCCCGCCC‑CCGCCCAAAACTTAAAACGCTTTAAAAAAAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTccc < 2:1306906/139‑1 (MQ=255) aGTATTTTTGATTCTATCCCGGCC‑CCGTCCAGACCTTAAAACGCGTTGAAAAAAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCccgc < 2:692965/140‑1 (MQ=255) ttATTTTTGTTTCTATTCCGGCC‑CCGCCCAGAACTTCAAGCGCGTTGAAAATAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCccgcc < 2:584934/139‑1 (MQ=255) ttATTTTTGATTCTATCCCGGCC‑CCGGCAGAAACTTAAAAGGCTTAGAAAAAAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCccgcc < 2:762075/139‑1 (MQ=255) gtttttttATTTCTATTCCGCCC‑CCTCCCAGAACTCCAAACGCGTTAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCccgcc < 2:1007481/137‑1 (MQ=255) tttttttGATTCTATCCCGGCC‑CCGCCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAAAAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCccgccg < 2:739614/138‑1 (MQ=255) ttttttGATTCTATCCCGGCC‑CCGCCCAGAACTTCAAACGCGTTAAAAAAAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCgg < 2:355306/139‑1 (MQ=255) ttttttAATTCTATCCCGGCC‑CCGCCCAAACCTTCAACCGCGTTGAAAATAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCgg < 2:1632988/139‑1 (MQ=255) aTTTTTGATTCTATCCCGGCA‑CCGTCCAGAATTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCgg < 1:400699/140‑1 (MQ=255) tttttGTTTCTATTCCGTCA‑CGTTCCATATCTTAAAGAGAGATTAAAACAAAAACAAAATCCCGCCGAAGCGGGTTAAGCGCGGGTGCCTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCggg < 2:1297377/140‑1 (MQ=255) tttttGATTCTA‑TCCGGCACCCGTCCAGAATTAAAACCGGGTTGAAAAAAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCggg < 2:655218/140‑1 (MQ=255) tttGTTTCTATCCGGGCC‑CCGCCAAGAACTTCAAACGCGTTAAAAATAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGtc < 2:933770/140‑1 (MQ=255) tttGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGtc > 2:1336377/1‑140 (MQ=255) tttGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGtc > 1:1488159/1‑140 (MQ=255) tttGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGtc > 1:584934/1‑140 (MQ=255) tttGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGtc > 1:1642163/1‑140 (MQ=255) tttGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCT‑CCCCGCCGGGtct > 1:1160393/1‑140 (MQ=255) tttGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGC‑GGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGtct > 2:1388720/1‑140 (MQ=255) gATTCTATTCGGGCA‑CCGTCGAAACCTTAAACCGGTTTAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTctct < 2:1573036/140‑1 (MQ=255) tATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTActc > 1:221013/1‑140 (MQ=255) ccGGCC‑CCGCCCAGAACTTAAAACGGGTTAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCa < 2:29067/140‑1 (MQ=255) ccGGCA‑CCGTCCAGATCTAAAAACGCGTTGAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCa < 2:28911/140‑1 (MQ=255) cccgccaaGAACTCCAAACGCGTTGAAAAAAAAAACAAAACCCCCCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTc < 2:1052480/133‑1 (MQ=255) cgccaaGAACTTAAACCGCGTTAAAAAAAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGt < 2:177242/135‑1 (MQ=255) cGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGt < 1:1924983/140‑1 (MQ=255) gTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTa > 2:1790824/1‑140 (MQ=255) gTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTa > 1:1903369/1‑140 (MQ=255) gTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTa > 1:293702/1‑140 (MQ=255) tCCAGAACTTCAACCGCGTTGAAAAAAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTaa < 1:513975/140‑1 (MQ=255) tCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTaa > 1:1437016/1‑140 (MQ=255) tCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTaa < 1:1336333/140‑1 (MQ=255) cAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGa > 1:1340770/1‑140 (MQ=255) cAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGa > 2:1871053/1‑140 (MQ=255) cAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGa > 2:1625978/1‑140 (MQ=255) cAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGa > 1:1463292/1‑140 (MQ=255) cAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGa > 1:261482/1‑140 (MQ=255) ttaaaaaTAAAAACAAAACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGAcc < 1:666533/137‑1 (MQ=255) ttGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGAcc > 2:385566/1‑140 (MQ=255) ttGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGAcc < 1:1020806/140‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaaaaACCCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTc < 2:382533/139‑1 (MQ=255) caaaaacCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCgg > 2:919313/1‑140 (MQ=255) aaaccCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGtt < 2:549903/140‑1 (MQ=255) aaaccCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGtt < 2:734954/140‑1 (MQ=255) aacCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCg > 1:1746962/1‑140 (MQ=255) | TTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCA‑CCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCG > NC_000913/1644895‑1645172 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |