| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,612,531 | G→T | A223S (GCG→TCG) | yhhT → | putative transporter YhhT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,612,531 | 0 | G | T | 99.4% | 568.4 / ‑3.4 | 162 | A223S (GCG→TCG) | yhhT | putative transporter YhhT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (87/74); total (88/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
TAATCCACAGATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTGCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTACGAATGTATTCTGGTCGGCGCATTG > NC_000913/3612395‑3612665 | taatCCACAGATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTtcgc < 2:1807132/140‑1 (MQ=255) tCCACAGATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGa > 2:118139/1‑140 (MQ=255) ccACAGATTCACATCGCGGGATTACTCCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGAt < 1:687092/140‑1 (MQ=255) caGATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGAtgtg < 1:1296189/140‑1 (MQ=255) aGATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGAt > 1:1962480/1‑136 (MQ=255) aGATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGAt < 2:1962480/136‑1 (MQ=255) aGATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTgg > 1:288524/1‑140 (MQ=255) gATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTggg < 2:66839/140‑1 (MQ=255) cacaTCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGt > 1:843862/1‑140 (MQ=255) cgGGATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCg > 1:511887/1‑140 (MQ=255) gggATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGt < 2:1266772/140‑1 (MQ=255) gggATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGt < 2:843862/140‑1 (MQ=255) gATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGttt < 2:474851/140‑1 (MQ=255) cacCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCt < 2:643104/140‑1 (MQ=255) cgcgCACTTAAAGGCGTTTAGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCaa > 1:501258/1‑140 (MQ=255) cgcACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGt < 1:1051817/128‑1 (MQ=255) cgcACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCt > 1:428714/1‑135 (MQ=255) cgcACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCt < 2:428714/135‑1 (MQ=255) cgcACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACt > 1:783198/1‑140 (MQ=255) cgcACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACt > 1:1821767/1‑140 (MQ=255) cgcACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACt > 2:238821/1‑140 (MQ=255) cgcACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACt > 2:1129574/1‑140 (MQ=255) cgcACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACt > 2:524209/1‑140 (MQ=255) gcACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTa > 1:1279772/1‑140 (MQ=255) cACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTAc > 2:219976/1‑140 (MQ=255) cACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTAc > 2:751712/1‑140 (MQ=255) aCTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACg < 2:1243541/140‑1 (MQ=255) ttAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTg < 2:511887/140‑1 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(MQ=255) cGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATg < 1:952804/140‑1 (MQ=255) ctggctggGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGgtt < 2:637037/140‑2 (MQ=255) ctggctggGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGgtg < 2:314446/140‑1 (MQ=255) ctggctggGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGgtg < 1:1415127/140‑1 (MQ=255) tggctggGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGtgc < 1:527860/124‑1 (MQ=255) tggctggGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTaa > 1:1386392/1‑134 (MQ=255) tggctggGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGgtgt > 2:1926500/1‑140 (MQ=255) ggctggggctggAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGtt < 2:1653293/140‑1 (MQ=255) ctggggctggAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTa < 2:1064841/140‑1 (MQ=255) ctggggctggAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTa < 2:1100033/140‑1 (MQ=255) ctggggctggAGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTa < 1:751712/140‑1 (MQ=255) aGCTGATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTACGAATGTAtt < 1:1484354/140‑1 (MQ=255) gATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTACGAAt > 2:1739028/1‑131 (MQ=255) gATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTACGAATGTATTCTgg > 2:213487/1‑140 (MQ=255) gATGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTACGAATGTATTCTgg < 1:991333/140‑1 (MQ=255) aTGGGGGTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTACGAATGTATTCTGGt > 2:167985/1‑140 (MQ=255) gggTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTACGAATGTATTCTGGTCGgc > 2:1339274/1‑140 (MQ=255) ggTGCAGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTACGAATGTATTCTGGTCGgcg > 2:966549/1‑140 (MQ=255) aGTTTTCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCCCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTACGAATGTATTCTGGTCGGCGCATTg > 2:1245722/1‑140 (MQ=255) | TAATCCACAGATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGGCGTTTCGCACTATCTTGCATTGAAGACGCTACTCAGTTTATGGACAGGTGTCATCGTCTGGCTGGGGCTGGAGCTGATGGGGGTGCAGTTTGCGCTGATGTGGGCAGTACTGGCGTTTTTGCTCAACTACGTGCCCAATATCGGCGCGGTAATTTCCGCCGTACCGCCAATGATTCAGGTGCTGCTGTTTAATGGTGTTTACGAATGTATTCTGGTCGGCGCATTG > NC_000913/3612395‑3612665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |