Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,221,548 | C→A | V314F (GTT→TTT) | arpA ← | regulator of acetyl CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,221,548 | 0 | C | A | 96.4% | 186.5 / 0.4 | 55 | V314F (GTT→TTT) | arpA | regulator of acetyl CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (20/33); total (21/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
AGTTGCGTAAGTTGGTGATTCTGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTA > NC_000913/4221412‑4221681 | aGTTGCGTAAGTTGGTGATTCTGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAga < 2:674154/140‑1 (MQ=255) cGTAAGTTGGTGATTCTGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAgattgat > 2:412946/1‑140 (MQ=255) gTAAGTTGGTGATTCTGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAgattgatt < 2:696397/140‑1 (MQ=255) ggTGATTCTGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACa > 1:142835/1‑140 (MQ=255) tGATTCTGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATg < 2:142835/140‑1 (MQ=255) aTTCTGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGAt > 1:502436/1‑140 (MQ=255) ttCTGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATc > 2:569133/1‑140 (MQ=255) tGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACTTGATCAt < 1:156466/139‑1 (MQ=255) tGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACTTGATCAt > 2:156466/1‑139 (MQ=255) aCCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTg < 1:412946/140‑1 (MQ=255) cAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGAc < 2:657155/140‑1 (MQ=255) ccATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTc > 1:376701/1‑140 (MQ=255) ttAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCagg < 2:228597/140‑1 (MQ=255) tAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCagga < 2:475592/140‑1 (MQ=255) aaaTTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCt < 2:675879/140‑1 (MQ=255) ttCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCtata > 1:430686/1‑140 (MQ=255) cATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAAt > 1:284392/1‑140 (MQ=255) cGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTa > 2:166320/1‑140 (MQ=255) gATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATaaa > 1:31736/1‑140 (MQ=255) aTAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATaaaa < 2:376701/140‑1 (MQ=255) aaTGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAAt < 1:405998/124‑1 (MQ=255) aaTGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAAt > 2:405998/1‑124 (MQ=255) aaTGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATc > 1:613917/1‑140 (MQ=255) aGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCa > 2:218563/1‑140 (MQ=255) aGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCa < 1:205029/140‑1 (MQ=255) gggTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATATTCTACATTCATAAAATCCa > 2:99705/1‑135 (MQ=255) gggTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCa < 1:651325/135‑1 (MQ=255) gggTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCa > 2:651325/1‑135 (MQ=255) gggTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCaga < 1:218563/140‑1 (MQ=255) gggTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAAAAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATATTCTACATTCATAAAATCCa < 1:99705/135‑1 (MQ=255) ttATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGaa < 2:488730/140‑1 (MQ=255) aTTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATa < 1:700067/140‑1 (MQ=255) ttCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAgt < 2:267427/140‑1 (MQ=255) ttCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAgt < 1:301963/140‑1 (MQ=255) ttCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAgt < 2:414014/140‑1 (MQ=255) cATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAgtgt < 2:635988/140‑1 (MQ=255) aTCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGtt < 1:378566/140‑1 (MQ=255) aTCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATa > 2:407450/1‑127 (MQ=255) aTCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATa < 1:407450/127‑1 (MQ=255) cTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTctct < 2:570321/140‑1 (MQ=255) ttAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTg > 2:301255/1‑140 (MQ=255) aaCATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCt > 2:386545/1‑140 (MQ=255) aaCATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCt < 1:479430/140‑1 (MQ=255) cATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCttt > 2:54471/1‑140 (MQ=255) aTCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTc < 2:430686/140‑1 (MQ=255) tGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAAt > 1:61049/1‑140 (MQ=255) tGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAAt < 2:30634/140‑1 (MQ=255) cTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCtt > 1:183708/1‑140 (MQ=255) tGCTGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCgt < 1:54471/140‑1 (MQ=255) tGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCgttag < 2:61049/140‑1 (MQ=255) tGGAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCgttag < 2:613917/140‑1 (MQ=255) ggAATTATTGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCgttagt < 2:284392/140‑1 (MQ=255) tattGCAAAAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACAt < 1:597464/140‑1 (MQ=255) ttGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTa < 2:183708/140‑1 (MQ=255) ttGCAAAAGATTGATTATTAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTa < 2:403865/140‑1 (MQ=255) | AGTTGCGTAAGTTGGTGATTCTGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTA > NC_000913/4221412‑4221681 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |